Titolo originale: A New Day in the Old Town - Prima trasmissione: 17 set 2009
Olivia torna nella nostra realtà, mentre Peter, inconsapevolmente in una corsa contro il tempo con una forza sinistra ed instabile, cerca informazioni sulla sua visita. Walter torna nel suo laboratorio per lavorare ad altri esperimenti "di confine" ed ovviamente alla torta per festeggiare il compleanno di Peter.
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Titolo originale: Night of Desirable Objects - Prima trasmissione: 24 set 2009
Un operaio al lavoro su un'autostrada nella Pennsylvania rurale scomprare quando viene misteriosamente attratto in un tunnel sotterraneo pieno di resti umani. Intanto al laboratorio, Walter cerca di simulare il viaggio tra mondi paralleli usando delle rane. Quando viene fuori che l'incidente in Pennsylvania non è un caso isolato, la squadra vola sul posto per indagare.
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Titolo originale: Fracture - Prima trasmissione: 1 ott 2009
Peter, Walter, Olivia e Broyles indagano degli incidenti mortali a Philadelphia dove una bomba è esplosa all'interno di una stazione ferroviaria, senza lasciare traccia di dispositivi esplosivi. Le inspiegabili circostanze portano Walter ad esaminare attentamente i cadaveri delle vittime nel suo laboratorio ed a scoprire una fonte di energia che ha causato l'esplosione. Con la minaccia di altro ordigni e collegamenti a progetti militari, l'indagine porta Olivia e Peter in Iraq.
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Titolo originale: Momentum Deferred - Prima trasmissione: 8 ott 2009
Walter somministra un preparato all'agente Dunham, ancora in ripresa dopo la sua traumatica visita nella realtà alternativa, per aiutarla a ricordare. Viene presentata un'altra donna su cui Walter fa esperimenti e intanto la squadra indaga su una serie di rapine in cui sono coinvolti dei mutaforma.
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Regia
Con la partecipazione di
Titolo originale: Dream Logic - Prima trasmissione: 15 ott 2009
Un uomo aggredisce il suo capo in seguito a un incubo molto inquietante e la squadra si reca a Seattle per indagare. Nel frattempo Broyles ha bisogno di incontrarsi con Nina Sharp.
Regia
Con la partecipazione di
Titolo originale: Earthling - Prima trasmissione: 5 nov 2009
Il team indaga su una serie di vittime trasformate in ceneri da una potente scarica di energia e durante le indagini Olivia e Peter scoprono un legame con il passato di Broyles.
Titolo originale: Of Human Action - Prima trasmissione: 12 nov 2009
Oliva, Peter e Walter indagano su un insolito caso di rapimento che ha delle connessioni con la Massive Dynamic.
Titolo originale: August - Prima trasmissione: 19 nov 2009
Dopo aver indagato su una bizzarra sparizione avvenuta a Boston, la squadra si avvicina alla cattura del misterioso Osservatore.
Titolo originale: Snakehead - Prima trasmissione: 3 dic 2009
Il team indaga su delle creature attaccate a dei cadaveri. Olivia, Peter e Broyles scoprono che il caso è collegato a una pericolosa organizzazione.
Titolo originale: Grey Matters - Prima trasmissione: 10 dic 2009
Peter, Olivia e Walter indagano su dei fatti occorsi in un istituto mentale, dove un paziente schizofrenico è guarito miracolosamente dopo che ha subito un'operazione al cervello non autorizzata. Indagando si scopre che altri due pazienti in altri istituti sono stati 'miracolati', ma la verità è molto più inquietante di quello che sembra e Walter è direttamente coinvolto in quello che sta accadendo.
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Regia
Con la partecipazione di
Titolo originale: Unearthed - Prima trasmissione: 11 gen 2010
Una ragazza si risveglia dopo un incidente che le ha provocato la morte cerebrale ed è convinta di essere un soldato russo.
(Questo è un episodio della prima serie che non era ancora andato in onda)
Titolo originale: Johari Window - Prima trasmissione: 14 gen 2010
La squadra si reca ad Edina per indagare su una copertura e viene accolta con ostilità dalla popolazione locale.
Titolo originale: What Lies Below - Prima trasmissione: 21 gen 2010
Nel corso delle indagini su un uomo il cui sangue letteralmente esplode fuori dalle sue vene ed arterie, Peter ed Olivia si ritrovano intrappolati in quarantena perché si scopre che il sangue contiene un agente patogeno letale.
Titolo originale: The Bishop Revival - Prima trasmissione: 28 gen 2010
Dei killer prendono di mira un matrimonio con una tossina che attacca individui specifici e Walter scopre che il caso potrebbe essere collegato ad un ramo della famiglia Bishop.
Titolo originale: Jacksonville - Prima trasmissione: 2 feb 2010
L'unico sopravvissuto al crollo di un edificio a Manhattan in seguito ad un terremoto si rivela provenire da un altro mondo. Walter conduce la squadra a Jacksonville, dove lui e William hanno tenuto un esperimento collegato a questo anni prima e solo Olivia ed i segreti sepolti nel suo passato possono prevenire un'altra catastrofe.
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Regia
Con la partecipazione di
Titolo originale: Peter - Prima trasmissione: 1 apr 2010
Walter ricorda gli eventi del 1985, compresi quelli che hanno portato all'arrivo di Peter ed a cosa sia accaduto alla madre del ragazzo, Elizabeth Bishop.
Titolo originale: Olivia, in the Lab, with the Revolver - Prima trasmissione: 8 apr 2010
Mentre Olivia lotta per non rivelare il segreto di Walter a Peter, la squadra indaga su una donna morta inspiegabilmente a causa di una malattia mortale di cui non ha mai avuto alcuna avvisaglia.
Titolo originale: White Tulip - Prima trasmissione: 15 apr 2010
Una serie di morti misteriose su un autobus porta il team Fringe a indagare sul conto di un uomo molto facoltoso e potente. Intanto Peter comincia a notare che Walter si comporta in modo sospettoso.
Titolo originale: The Man from the Other Side - Prima trasmissione: 22 apr 2010
L'omicidio di due adolescenti da parte di mutaforma mette la squadra sulle tracce di Newton ed il suo gruppo. Una traccia che conduce alla Massive Dynamic. Intanto Peter parla ad Olivia della sua famiglia e Walter cerca di ricordare le memorie portategli via da Newton.
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Titolo originale: Brown Betty - Prima trasmissione: 29 apr 2010
Walter è in brutto momento e per distrarsi, racconta a Ella, la nipotina di Olivia, un musical con dei protagonisti molto familiari.
Titolo originale: Northwest Passage - Prima trasmissione: 6 mag 2010
Peter indaga su una serie di omicidi collegati a Newton con uno sceriffo locale, mentre Walter è preoccupato di finire nuovamente al St. Claire.
Regia
Con la partecipazione di
Titolo originale: Over There (1) - Prima trasmissione: 13 mag 2010
Walter ed Olivia fanno un viaggio nella Terra alternativa per fermare lo scontro tra i due mondi e l'estinzione di uno di essi.
Regia
Con la partecipazione di
Titolo originale: Over There (2) - Prima trasmissione: 20 mag 2010
Walter ed Olivia visitano "l'altra parte" e sono costretti a fare sacrifici personali per impedire la collisione tra i due universi.
