Adesso che Arrow è riuscito a mettere la criminalità in ginocchio, Oliver decide di dedicarsi alla sua vita privata, ma sia lui sia Roy devono mettere da parte i loro piani quando un nuovo Conte Vertigo appare sulla scena del traffico di droga. Inoltre Ollie deve vedersela con un affascinante uomo d'affari che ha messo gli occhi sulla Queen Consolidated. Diggle intanto sta imparando a fare il papà, Quentin è stato promosso e Laurel si è unita al Team Arrow.

Un misterioso arciere che si fa chiamare Komodo arriva in città e comincia a prendere di mira uomini d'affari. Oliver è preoccupato per Thea e Roy è costretto a dirgli la verità sul perchè la ragazza ha lasciato la città. Ray Palmer corteggia Felicity mentre in un flashback vediamo la prima missione di Oliver, nella quale l'obbiettivo è il suo amico d'infanzia, Tommy.

In un flashback vediamo Felicity, quando era ancora studentessa del college, che, insieme a quello che allora era il suo ragazzo, Cooper, e un loro amico, era impegnata a creare un virus molto potente in grado di hackerare qualunque struttura informatica. All'improvviso la città subisce un massiccio attacco di cyber-terrorismo che manda in confusione la città; Felicity si mette perciò al lavoro per rintracciare i responsabili dell'attacco.

Una serie di criminali appartenenti a una banda di spacciatori vengono trovati morti nel loro covo, appesi a testa in giù, mentre un altro viene ritrovato morto, sempre a testa in giù, nella palestra di Ted, che diventa dunque il principale sospettato.

Barry, Cisco e Caitlin arrivano a Starling City e aiutano Oliver ad affrontare un pericoloso criminale, Digger Harkness, specializzato nell'uso di boomerang letali. Digger è arrivato in città con lo scopo di vendicarsi dell'ARGUS, in particolare di Lyla.

Subito dopo aver consegnato un criminale al commissario Lance, Arrow è accerchiato da membri della Lega degli Assassini (di cui si scopre far parte anche Maseo) capitanati da Nyssa, la quale dà un terribile ultimatum a Arrow: o consegnerà a suo padre Ra's Al Ghul l'assassino di Sara entro 48 ore o la setta inizierà a sterminare 50 abitanti di Starling City al giorno.

La squadra di Arrow continua a svolgere il suo lavoro nella speranza che quest'ultimo torni. Nonostante sia evidente che Oliver è morto, dato che non si è messo più in contatto con loro, la squadra preferisce ignorare l'evidenza dei fatti, specialmente Felicity.

Oliver è ancora debole per via della ferita riportata dallo scontro con Ra's al Ghul. Tatsu gli fa assumere della penicillina e spiega a Oliver che lui è riuscito a sopravvivere alla ferita grazie alle basse temperature della montagna, dove è avvenuto il duello, e alla sua forza di volontà. Maseo deve ritornare alla Lega degli Assassini e Oliver è consapevole del rischio che corre dato che Ra's al Ghul lo ucciderebbe se sapesse che gli ha salvato la vita. Lui e la moglie ormai si sono separati da molto tempo: Tatsu rivela a Oliver che Maseo non si è mai perdonato (per via di qualcosa che successe a Hong Kong). Laurel ormai si è fatta una reputazione a Starling City come vigilante, Roy la aiuta, anche se lui e Diggle non concordano con la sua scelta di emulare Sara. Brick ha preso il controllo di The Glades, inoltre rapisce dei consiglieri comunali. Laurel e Roy provano a fermarlo, ma come risultato Brick uccide uno degli ostaggi. Le richieste di Brick sono molto chiare: la polizia dovrà lasciare in pace The Glades e i consiglieri saranno salvi. Intanto al rifugio dove Maseo e Tatsu continuano a prendersi cura di Oliver, alcuni membri della Lega degli Assassini raggiungono Maseo, insospettiti dal fatto che si era allontanato: lui e Tatsu li uccidono. Maseo si autoinfligge una ferita e dirà al suo padrone che Oliver è sopravvissuto, e che gli è scappato dopo aver lottato contro di lui. Tatsu lo ama ancora e prova a convincerlo a non andare e pure Oliver crede che Maseo sia un uomo migliore di quello che lui stesso crede; prova a convincerlo a venire via con lui a Starling City, ma lui ha preso la sua scelta, dunque torna alla lega. Laurel è delusa per i suoi pessimi risultati; lei voleva solo combattere per la memoria di Sara; Felicity cerca di consolarla visto che pure lei e la squadra hanno lottato per il ricordo di Oliver, ma poi realizza che non devono combattere per Sara e Oliver, ma per gli abitanti di Starling City che hanno bisogno di loro; dunque Felicity ritrova la fiducia che aveva perso e si riunisce alla squadra. Usando l'elicottero di Ray (pilotato da Diggle), Roy e Laurel fanno irruzione nel deposito dove Brick teneva nascosti i consiglieri, e li salvano. Nei flashback del periodo passato a Hong Kong, Oliver e Maseo scoprono che Tatsu è prigioniera in un night club. Stranamente Chien Na Wei sapeva che Oliver e Maseo sarebbero arrivati, infatti li porta da lei e Tatsu. All'insaputa di Oliver, Maseo si era accordato con Chien Na Wei per riavere la moglie in cambio di Alfa, però la criminale scopre che quello portatogli da Maseo è un falso. Nonostante tutto Maseo e Oliver portano Tatsu in salvo e scappano dal club. Tatsu ritorna a casa. Oliver non capisce perché Maseo non lo avesse informato del fatto che voleva dare a Chien Na Wei un falso Alfa, ma Maseo non era a conoscenza che quello non fosse l'originale. Infatti Amanda sapeva che lui lo avrebbe rubato per riprendersi la moglie, quindi lo ha sostituito con un falso. Comunque Oliver non approva il suo comportamento dato che per salvare Tatsu avrebbe messo in pericolo molte persone, dando alla Triade quell'arma, ma Maseo sarebbe disposto a fare qualunque cosa per la famiglia. Oliver poi guarda Maseo insieme a Akio e Tatsu e quest'ultima ringrazia Oliver per l'aiuto. Tornando al presente, la polizia lascia The Glades, perché nonostante i consiglieri siano salvi, non se la sentono di sfidare Brick. Chase continua a flirtare con Thea, mentre Malcolm prova a convincerala a scappare via con lui da Starling City, dicendole che Ra's al Ghul li vuole morti; ma Thea non vuole e fa capire a Malcolm che loro devono restare lì e combattere, dato che lui le ha insegnato a non farsi dominare dalla paura, e che se Ra's al Ghul vuole affrontarli, dovrà essere lui ad avere paura. Alla fine Malcolm le dà ragione. Felicity aiuta Ray a sviluppare la tecnologia che a cui sta lavorando, facendo finalmente dei progressi. L'episodio si conclude con Chase che telefona a Maseo: il ragazzo è un membro della Lega degli Assassini e informa Maseo che Malcolm è ancora a Starling City.

Nonostante il parere contrario di Tatsu, Oliver decide di tornare a Starling City. Inoltre adesso sente di avere molte più possibilità di sconfiggere Ra's al Ghul ora che conosce meglio il suo stile di lotta, ma Tatsu gli fa capire che questo non fa testo perché conoscere la sua tecnica di combattimento non serve a niente; la donna sostiene che solo quando comprenderà la natura dell'animo del suo avversario capirà come sconfiggerlo. Intanto The Glades è sotto il controllo della banda di Brick; la polizia ormai ha abbandonato il quartiere: solo Arsenal e Canary riescono a tenere i criminali a bada. Felicity e la squadra, dopo aver analizzato alcune prove, fanno una scoperta terribile: è stato Brick a uccidere la moglie di Merlyn quando era ancora un piccolo criminale. Malcolm ascolta la conversazione da una web-cam collegata al computer del rifugio di Arrow, e rimane sconcertato, soprattutto perché credeva di aver già ucciso l'assasino di Rebecca. Quentin parla con Arsenal, riferendogli che è a conoscenza che lui in realtà è Roy, e gli chiede di sconfiggere Brick. Malcolm offre il suo aiuto alla squadra; Diggle e gli altri non sono certi di quale sia la scelta giusta; Thea parla con Roy facendogli capire che Malcolm, nonostante la sua crudeltà, a modo suo ha cercato veramente di salvare la città, ed è sempre stato un padre presente e protettivo. Nonostante tutto la squadra decide di non avvalersi dell'aiuto dell'arciere, però comprendono che devono fare qualcosa, e dunque Roy, Laurel e Diggle, con l'aiuto di Sin e Ted, decidono di affrontare Brick e la sua banda a viso aperto, con l'aiuto degli abitanti di The Glades. Inizia così una vera lotta tra Brick e la sua banda, che si vedono costretti ad affrontare i vigilanti e i cittadini del quartiere, i quali hanno la meglio. Brick affronta in combattimento Ted, il quale inizialmente ha la meglio; ma Brick lo sconfigge e viene salvato dall'intervento di Roy che viene poi aiutato da Laurel. Brick cerca di scappare, ma Malcolm lo raggiunge e lo sconfigge con facilità (dovuto anche alle ferite infertegli da Ted). Decide di ucciderlo con un colpo di pistola, ma all'ultimo momento arriva Oliver che cerca di convincerlo a risparmiarlo; Malcolm desidera ucciderlo perché a suo dire è solo colpa di Brick se lui è diventato la persona orribile che è adesso, ma Oliver cerca di fargli capire che lui deve essere un uomo migliore per Thea, quindi Malcolm decide di risparmiarlo. Con una serie di flashback si scoprono alcune cose del passato di Malcolm, prima che sua moglie morisse. Lui era una brava persona, e un padre amorevole, ma quando venne a sapere che la moglie era stata assassinata l'uomo divenne vittima della disperazione, arrivando persino a uccidere il criminale che a quel tempo era sospettato della morte di Rebecca. Dopo averlo ucciso, Malcolm stava così male che decise di lasciare Starling City, andando in un luogo chiamato Nanda Parbat. Fu così che lui divenne un membro della Lega degli Assassini, e conobbe Nyssa, che a quel tempo era ancora una bambina. Fu lei, inoltre, a dargli il nome di Al Sa-Her, ovvero il mago. Tornando al presente, il quartiere di The Glades ora è salvo, ma Sin parla con Quentin dicendogli che la donna che ha visto combattere, e che portava le vesti di Canary, non era Sara. Thea passa la serata con Oliver e Malcolm, ringraziando il fratello per la sua tolleranza nell'accettare il rapporto tra lei e il padre. Oliver informa Malcolm che l'arciere nero dovrà addestrarlo perché, essendo stato lui un allievo di Ra's al Ghul, solo lui può indicargli la via per sconfiggerlo. Oliver torna al rifugio; i suoi amici sono felici di rivederlo, ma il loro entusiasmo svanisce quando Oliver li informa che da ora Merlyn lavorerà con loro. Felicity non può fare a meno di esprimere la sua rabbia nei confronti di Oliver per questa scelta. Infatti Felicity sperava che il combattimento contro Ra's al Ghul, che è quasi costato la vita a Oliver, lo avrebbe aiutato a diventare una persona migliore; invece la ragazza, con sua grande delusione, vede che lui non è cambiato minimamente, cosa comprovata dal fatto che adesso vuole lavorare insieme all'uomo che ha spinto la sua amata sorella a uccidere Sara, la donna che un tempo Oliver amava. È dunque per via della sua moralità ambigua che non riesce ad accettare il suo amore.

L'episodio inizia con Laurel e Sara, entrambe nelle vesti di Canary, che lottano: Sara ha la meglio sulla sorella. 48 ore prima: Laurel aiuta Oliver e Roy a fermare un criminale. Oliver è sempre più contrario all'idea che la sua amica diventi una vigilante. Werner Zytle si appresta ad affrontare il suo processo, ma riesce a scappare, e dunque torna a piede libero. Malcolm sostiene che per affrontare Ra's al Ghul servirà l'aiuto di Thea, e che dunque Oliver deve dirle il suo segreto, ma lui sostiene che non è pronta. Malcolm, peró, ha un'opinione diversa. Oliver segue il suo consiglio, rivelando alla sorella che lui è Arrow, vedendo che Malcolm aveva ragione. Infatti Thea è orgogliosa di suo fratello e lo abbraccia ringraziandolo per tutto il bene che ha fatto. Oliver cerca di convincere Laurel a non emulare la sorella, sostenendo che essere una vigilante non la farà sentire meglio, ma Laurel lo accusa di essere un ipocrita perché pure lui usa la lotta al crimine per evitare di affrontare i problemi della vita reale. Laurel trova Werner e lo affronta, ma lui le inietta della vertigo facendole vedere la sua più grande paura, ovvero Sara. Ciò riporta alla scena iniziale dell'episodio, dove Laurel affronta Sara, che in realtà è Werner, e viene sconfitta, ma Oliver giunge in suo aiuto, mentre Werner scappa. Oliver porta Laurel al suo rifugio per curarla dalla vertigo. Thea scende e dopo aver visto Laurel in quello stato viene allontanata con prepotenza da Oliver; questo porta Roy e Felicity a litigare con lui perché ritrngono che Oliver non abbia il diritto di comandare Thea dicendole quello che deve o non deve fare, come non può nemmeno dire a Laurel che non ha la stoffa della vigilante, perché, anche se è ritornato a Starling City, lui non può manipolare le scelte degli altri, specialmente ora che si è alleato con Malcolm senza chiedere il loro permesso. Gli ricordano che in sua assenza sono stati loro a proteggere Starling City, senza il suo aiuto. Thea, fuori dal rifugio, incontra Chase e lo invita a casa sua. Laurel si riprende. Felicity parla con lei e la ragazza confessa che la sua paura più grande è sempre stata quella di confrontarsi con Sara, ma Felicity sostiene che Sara, nonostante sia stata una grande combattente, aveva troppa oscurità dentro di lei, mentre Laurel ha una luce che la sorella non aveva, e che ha il potenziale per essere un'eroina migliore di lei. Diggle parla con Oliver dicendogli che questa non è più la sua battaglia, e che se un giorno morirà, come è quasi successo nel duello contro Ra's al Ghul, i suoi amici dovranno proseguire al suo posto. Felicity rintraccia Werner, quindi Oliver e Laurel vanno a combatterlo. Werner tiene prigionieri alcuni scenziati per replicare la vertigo, ma Arrow e Canary li mettono in salvo. Chase, dopo aver copulato con Thea, cerca di ucciderla avvelenandola, ma Thea capisce le intenzioni del ragazzo, che alla fine si rivela come un membro della Lega degli Assassini. Roy e Malcolm arrivano in soccorso di Thea, ma Chase alla fine si toglie la vita ingerendo del cianuro. Laurel affronta Werner, il quale le inietta nuovamente la vertigo: Laurel vede sia Sara che Quentin, ma stavolta domina le sue paure e sconfigge Werner. Laurel va a trovare suo padre al dipartimento dicendogli la verità, cioè che Sara è morta: lui e la figlia in lacrime si abbracciano. Thea è scossa per quello che è successo, quindi Malcolm consiglia a Oliver di fare un addestramento, coinvolgendo pure Thea, in un posto particolare. Oliver e Thea partono insieme e raggiungono il luogo dove si addestreranno: l'isola di Lian Yu. Nei flashback del periodo passato a Hong Kong, Maseo decide di scappare da Amanda dato che ha cercato di rubarle Alfa. Lui e Oliver si salutano. Oliver cerca di mettersi in contatto con la sua famiglia, ma gli agenti dell'ARGUS lo trovano e lo catturano. Amanda fa torturare Oliver per farsi dire dov'è Maseo. Quest'ultimo viene catturato dall'ARGUS, anche se in realtà è venuto di proposito dopo aver saputo che Oliver era stato preso, visto che non voleva lasciare solo il suo amico. Alla fine Oliver viene tramortito da un agente dell'ARGUS, e al suo risveglio si ritrova in un'automobile insieme ad Amanda e Maseo. L'ARGUS vuole che Oliver e Maseo continuino la missione nella città dove Chien Na Wei è stata rintracciata: l'auto dove si trovano giunge a Starling City.

Oliver e Thea sono sull'isola per addestrarsi. Oliver decide di fare visita a Slade nella sua cella, che si trova proprio lì, ma vede che la cella del suo vecchio mentore è vuota, con dentro il cadavere di una guardia di sicurezza dell'ARGUS. Oliver parla con Malcolm al cellulare: è stato lui a liberare Slade, perché questo fa parte dell'addestramento; lui e Thea dovranno ucciderlo per affinare il loro istinto omicida; inoltre, il cellulare di Oliver smette di funzionare, quindi non potrà chiedere aiuto a nessuno. Slade cattura Thea e Oliver, ma decide di non ucciderli e li rinchiude nella sua cella. Oliver spezza il braccio a Thea: in questo modo sua sorella riesce a farlo passare in mezzo alle sbarre e a premere il pulsante per aprire la cella, così i due riescono a scappare. Oliver confessa a Thea la verità: Malcolm ha manipolato la sua mente per farle uccidere Sara, e dopo questa rivelazione Thea rimane allibita. Slade li coglie nuovamente di sorpresa, ma Thea questa volta riesce a difendersi e, pistola alla mano, si appresta a uccidere Slade. L'episodio è incentrato specialmente sui flashback sulla missione di Oliver e Maseo, che avvenne a Starling City cinque anni prima. Chien Na Wei, tramite uno dei dirigenti della Queen Consolidated, aveva allestito un'asta per vendere Omega, anche senza Alfa, dato che poteva essere replicato. A quel tempo Thea aveva problemi con la droga, nonostante Tommy cercasse di farle prendere coscienza delle sue pessime scelte. Oliver entra nell'edificio della società di famiglia, e violando i loro computer trova le informazioni che il loro dirigente nasconde su Chien Na Wei, e anche un video di suo padre. Oliver, cercando di rimanere nell'ombra, prende parte ad una festa di Tommy, dove è presente anche Thea, mentre Maseo cerca di coprirlo, dato che sta violando gli ordini di Amanda. Pure lo spacciatore che vende la droga a Thea prende parte alla festa e Oliver finisce per ucciderlo. Quentin giunge alla festa per indagare sulla morte dello spacciatore e rimprovera Laurel (la quale era pure lei presente alla festa) per le sue scelte. Infatti a quel tempo lavorava per un grande studio legale a San Francisco, ed era venuta a Starling City per una breve visita, ma Quentin le fa capire che lei non è il tipo di avvocato che desidera lavorare per i grandi studi, ma aiutare le persone bisognose. Maseo raggiunge Oliver e puntandogli contro la pistola gli intima di venire in missione con lui, perché dai dati rinvenuti è stato rivelato che l'asta si terrà in un magazzino abbandonato della Queen Consolidated (lo stesso che diventerà il rifugio di Arrow), ma lui non intende venire perché ha deciso di ricongiungersi con la sua famiglia, vedendo come le cose sono peggiorate dopo la sua presunta morte, e non gli importa di quale sarà la reazione di Amanda. Maseo va in missione da solo. Oliver, invece, tornato a casa, vede il video di suo padre, dove lui ammette tutte le sue colpe, ma affermando pure che crede in Oliver e nel suo valore, perché suo figlio è migliore di lui, e che deve salvare la città. Dunque Oliver capisce di non poter abbandonare Maseo. Quest'ultimo, con gli agenti dell'ARGUS, fa irruzione nella fabbrica abbandonata, ma gli uomini di Chien Na Wei hanno la meglio su di loro. Proprio quando Maseo è alle strette, Oliver arriva in suo soccorso, prendendo Omega e arrestando Chien Na Wei. Dopo aver litigato con suo padre, Laurel capisce che in fondo aveva ragione e per questo decide di tornare a Starling City e di lasciare San Francisco. Oliver è ormai sicuro di aver chiuso con Amanda e l'ARGUS, e che quindi ora è finalmente libero di restare a Starling City con la sua famiglia, ma il ragazzo conosce il generale Matthew Shrieve, che dopo essersi congratulato con Oliver per il suo ottimo lavoro, gli annuncia che potrà considerarsi libero solo quando la missione sarà definitivamente conclusa: lui e Maseo dovranno tornare in Cina per portarla a termine. Tornando agli eventi presenti, Oliver convince Thea a risparmiare Slade, perché Malcolm voleva proprio che lei lo uccidesse per dimostrare che Thea è come suo padre, ma gli fa capire che lei è migliore di Malcolm, dunque Thea decide di non ucciderlo. Slade viene rinchiuso in cella, ma avverte Oliver che Thea adesso è cambiata perché in lei si è annidata l'oscurità. Quentin va a fare visita alla tomba di Sara. Laurel è vicino a lui e confessa che sua madre è già a conoscenza della dipartita di Sara, e questo fa arrabbiare Quentin visto che si sente preso in giro per come Laurel gli ha tenuto nascosta la morte della figlia; infatti ciò che veramente lo ferisce è il modo in cui Laurel lo ha trattato. Di ritorno dall'isola Thea ha modo di parlare con Malcolm rinfacciandogli tutto il suo odio per quello che le ha fatto fare. La ragazza è consapevole che finché Ra's al Ghul sarà una minaccia, Malcolm è ancora una risorsa importante, e che dunque lotterà al suo fianco, ma adesso non lo considera più suo padre.

Malcolm addestra Oliver nella scherma. Thea, non sopportando il senso di colpa, dice la verità a Laurel, sul fatto che è stata lei a uccidere Sara, manipolata da Malcolm con delle droghe. Laurel la perdona, ma non capisce perché ora combatte al suo fianco dopo il modo in cui l'ha manipolata. Lei risponde che non ha scelta, ma Laurel la contraddice dicendole che deve essere lei a fare le sue scelte. Laurel affronta Oliver rimproverandolo per non averle detto che è stato Malcolm a decretare la morte della sorella e anche perché lo difende. Oliver cerca di farle capire che ha bisogno di Malcolm per sconfiggere Ra's al Ghul. Laurel esprime la sua delusione affermando di non ricordare nemmeno per quale motivo era innamorata di lui un tempo. Laurel decide di uccidere Malcolm tendendogli un agguato. I due si affrontano e Laurel gli punta contro la sua pistola, ma Nyssa e alcuni membri della Lega degli Assassini interrompono lo scontro e catturano Malcolm: è stata Thea a chiamarli seguendo il consiglio di Laurel. Laurel avverte Oliver di quello che è appena successo, quindi l'arciere corre in soccorso di Malcolm, perché è sicuro del fatto che non dirà mai alla lega che è stata Thea a uccidere Sara, e che Thea alla fine si pentirà di aver causato la morte del padre, perché a quel punto lei sarebbe persa. La lega cerca di portare via Malcolm in elicottero. Oliver affronta Nyssa catturandola, ma gli altri membri della lega portano via Malcolm. Oliver chiude Nyssa in una gabbia, nel suo rifugio, e le chiede dove si trova Nanda Parbat. Lei rivela la posizione del covo della lega, sicura che suo padre ucciderà Oliver. Tutti sono contrari a quello che Oliver vuole fare. Thea cerca di convincerlo che non vale la pena salvare Malcolm, ma Oliver non è d'accordo perché Robert e Moira sono morti per colpa sua, e lui non vuole che anche sua sorella patisca il dolore di avere sulla coscienza la morte di un genitore. Diggle, su consiglio di Lyla, parte con Oliver per raggiungere Nanda Parbat. Felicity è dell'opinione che per Oliver non ci siano più speranze, quindi decide di concentrarsi solo su Ray, per evitare che consumi tutte le sue energie sull'armatura ATOM; Ray confessa alla donna che quando è in sua compagnia, in certi momenti, pensa solo a lei e a nient'altro, e la bacia; infine lui e Felicity finiscono a letto insieme. Nei flashback del periodo passato a Hong Kong, Oliver e Maseo, dopo essere ritornati in Cina, fanno rapporto di tutta la missione. Il generale Shrieve dà ai due il permesso di ritornare a casa; infatti la missione non è più dell'ARGUS, ma dell'esercito. Inoltre Shrieve si congratula con Oliver per il suo ottimo operato. Oliver saluta Maseo, Tatsu e Akio, che si apprestano a tornare in Giappone, ma proprio mentre stavano per prendere la loro imbarcazione al porto, vengono attaccati da alcuni agenti dell'ARGUS; inizia un conflitto a fuoco, e Oliver si vede costretto a scappare portando Akio con sé. Malcolm viene portato a Nanda Parbat e supplica il perdono del suo maestro, ma lui è deciso ad ucciderlo, non prima di averlo torturato. Oliver e Diggle fanno incursione a Nanda Parbat e trovano Malcolm, debole per via delle torture, ma cadono nella trappola di Ra's al Ghul, che li cattura entrambi. A Starling City, Roy parla con Thea dicendole che la capisce perché lui è consapevole di cosa si prova ad uccidere una persona senza esserne consapevoli, dato che quando era sotto l'effetto del Mirakuru aveva ucciso un poliziotto innocente. Dopo aver passato una romantica serata con Felicity, Ray finalmente può indossare la sua armatura, spiccando il volo. Thea va da Nyssa e le dice la verità sul fatto che è stata lei ad uccidere la sua amata Sara, nonostante fosse manipolata da suo padre, e apre la gabbia consegnandole la sua spada, dandole la possibilità di decidere cosa fare della sua vita. Oliver e Diggle sono prigionieri della Lega degli Assassini. Oliver alla fine confessa a Diggle la verità, cioè che lui non è giunto a Nanda Parbat solo per salvare Malcolm, ma anche per cercare vendetta nei confronti di Ra's al Ghul e chiudere i conti con lui, non essendosi mai veramente ripreso dallo scontro che gli è quasi costato la vita. Diggle ammette di considerare Oliver un fratello e che, se dovessero uscire vivi da questa situazione, vorrebbe che gli facesse da testimone al suo matrimonio. Oliver viene portato al cospetto di Ra's al Ghul al quale chiede di risparmiare Diggle, ma il capo della Lega degli Assassini sorprende Oliver con una proposta: lui vuole che l'arciere prenda il suo posto diventando il "nuovo Ra's al Ghul".

Si ripresenta la scena dove Ra's al Ghul chiede ad Oliver di prendere il suo posto, e gli spiega che lui è destinato a morire solo, allontanato dalla gente che cerca di proteggere. Nello stesso momento, Nyssa si rifiuta di uccidere Thea, dicendo che la morte di Sara verrà vendicata con la morte di Malcolm. In quello stesso momento arrivano Roy e Laurel, che attaccano Nyssa: quest'ultima sembra avere la meglio, ma Roy la colpisce con un proiettile tranquillante. Ra's quindi pone l'offerta ad Oliver: se dovesse rifiutare, potrebbe comunque tornare a casa con Diggle e Malcolm, in segno di gratitudine della Lega. Quindi Oliver decide di tornare a casa, lasciando intendere che ci penserà su. Quest'ultimo torna nel loft di Thea, lasciando lì Malcolm, con la disapprovazione della sorella. Oliver capisce che l'offerta non può distrarlo dal lavoro di vigilante. Infatti, Michael Amar, un criminale soprannominato "Mormoro" (perché ha le labbra cucite, quindi incapace di parlare), cerca di effettuare un colpo ad un camion pieno di gioielli: la rapina è rallentata dall'arrivo del Team Arrow, ma Amar riesce a fuggire con alcune casse, contenenti diamanti industriali. Arrow porta al Capitano Lance alcuni componenti della banda di Mormoro, ma, poichè è venuto a conoscenza del fatto che Arrow sapeva della morte di Sara e lo ha tenuto allo scuro di tutto, volta le spalle al Vigilante. Al loft, Thea si lamenta del fatto che Malcolm non sia morto, e che lo rifarebbe; il padre capisce che la figlia ha un coltello e la incita ad ucciderlo, dicendogli che tiene a lei e che lui ha deciso di allenarla per non farla più soffrire. A Nanda Parbat, Nyssa (liberata in precedenza da Thea) chiede spiegazioni al padre sul fatto che Malcolm sia ancora vivo e viene informata da Ra's del fatto che ha scelto Oliver come suo prescelto, dato che è riuscito a sopravvivere alla sua spada. Lei, indignata dal fatto che suo padre abbia scelto una persona estranea al posto di sua figlia, attacca il padre con la spada (inutilmente, dato che viene parata dalla sua mano nuda) e lascia la città sotterranea. Dopo, Ra's immerge la mano ferita in delle acque che rimarginano istantaneamente il taglio. Infatti, Ra's prima spiegò ad Oliver che queste acque lo aiutarono a vivere più del dovuto. A Starling City, Oliver rivela a Diggle la proposta di Ra's e ammette che tutto ciò che quest'ultimo aveva predetto sul suo futuro inizia ad avverarsi. Infatti spiega ciò che è successo con Lance e di aver scoperto che Felicity e Palmer stanno insieme, e che forse dovrebbe davvero essere il nuovo Ra's al Ghul. Al Loft, Thea spiega al fratello che non ha ucciso Malcolm per sua madre, per la paura di ciò che potesse pensare vedendo sua figlia diventare un'assassina. Dopo l'uscita di Thea, Malcolm spiega ad Oliver che quella di Ra's non è un'offerta, ma un ordine. Infatti, c'è una profezia che dice che chi sopravvive alla spada di Ra's al Ghul, diventa Ra's al Ghul. Laurel va a trovare in centrale il padre, cercando di scusarsi e ripetendo che lei non abbandonerà la speranza di farsi perdonare dal padre, ma quest'ultimo risponde che lei resterà sempre sua figlia, anche se non sa se riuscirà a perdonarla. Intanto il Team Arrow scopre perché Amar fosse così interessato ai diamanti industriali: possono essere trasformati in proiettili molto efficaci. Rimasti soli, Oliver e Felicity parlano: lei è a conoscenza del fatto che Oliver stia ragionando sull'offerta di Ra's e il ragazzo le rivela che ci sta pensando perché non ricorda più perché sia diventato Arrow. Amar, con i suoi nuovi proiettili ricavati dai diamanti, assalta la centrale di polizia, dove sono presenti il Capitano Lance e Laurel: quando tutto sembra andare a favore di Mormoro, arriva Nyssa, seguita da Arrow ed Arsenal. Amar cerca di scappare, ma viene catturato e stordito da Oliver, che lo lascia al Capitano Lance. Thea va a trovare Roy a casa sua e gli chiede se può passare lì la notte; i due poi si baciano. Fuori dalla centrale, Laurel incontra Nyssa: scoprono che entrambe hanno problemi con il padre e Nyssa si offre di addestrarla a combattere. Di ritorno al nascondiglio, Oliver ringrazia Felicity perché, con il suo discorso, è riuscito a ricordare perché avesse iniziato la sua crociata: per rimediare agli errori di suo padre. E quindi decide di rifiutare l'offerta di Ra's. La ragazza ricorda le parole di Oliver: lui le disse che il suo desiderio era vederla felice, ma lei capisce che per esserlo gli basta averlo accanto. Nei flashback: Oliver ed Akio fuggono dagli uomini dell'ARGUS ritornando ad Hong Kong. Akio ricorda la raccomandazione del padre, cioè, nel caso si fossero divisi, rifugiarsi in un giardino botanico. I due vi si recano, ma scoprono che è sorvegliato dall'ARGUS, quindi fuggono e si imbattono in una ragazza che Oliver riconosce subito: è Shado. A Starling City Oliver riporta a Maseo la sua decisione, ma lui gli spiega che ormai è tutto deciso; inoltre cerca di fargli capire che nonostante continui a considerare Oliver un suo amico, essendogli ancora riconoscente per tutto ciò che ha fatto per lui, questo non cambia il fatto che, se continua ad opporsi a Ra's al Ghul, ci saranno delle conseguenze. Infatti, nel finale della puntata, dei criminali (tra cui il braccio destro di Amar) vengono attaccati e uccisi da Arrow, ma uno viene risparmiato per far sì che racconti alla gente ciò che è successo. Poco dopo si scopre che sotto le vesti dell'incappucciato non c'è Oliver, ma Ra's al Ghul.

Lyla e Diggle si sposano, con Ray che ufficializza l'unione, ma una notizia rovina il bel momento: Arrow ha ripreso ad uccidere. Oliver e i suoi amici capiscono subito che i criminali uccisi sono stati eliminati dalla Lega degli Assassini, che sta imputando ad Arrow la colpa per mettere Starling City contro di lui e facilitare, così, l'ingresso di Oliver nella lega. Diggle e sua moglie si apprestano a partire per la luna di miele, ma Floyd Lawton si presenta ai due coniugi dicendo a Lyla che Amanda ha una missione per lei: dovrà recarsi nella Repubblica di Kasnia per salvare un gruppo di ostaggi, tra cui il senatore Joseph Cray, i quali sono stati rapiti da un gruppo terrorista. Ray indice una conferenza stampa dove dichiara che impiegherà le sue risorse per catturare Arrow. Diggle intanto si offre volontario per prendere parte alla missione insieme a Lyla e Floyd, alla quale prenderà parte pure Carrie Cutter. Oliver entra in un covo criminale, ma i delinquenti sono stati già uccisi dalla Lega degli Assassini. Oliver affronta tre di loro, ma Maseo interrompe lo scontro facendo capire ad Oliver che tutto questo non finirà se lui non accetta di diventare il nuovo capo della Lega degli Assassini. Ray, indossando l'armatura, scova Arrow e, usando un software di riconoscimento facciale, scopre subito che l'arciere di smeraldo in realtà è Oliver Queen. Ray non ci mette molto a capire che Felicity è a conoscenza del segreto di Oliver e gliene parla, ma la ragazza gli dice che in realtà Oliver è una brava persona. Ray intuisce che la sua fidanzata è innamorata di lui, anche se lo nega, ed è deluso per i segreti che Felicity gli ha nascosto perché iniziava a pensare a lei come ad una compagna con la quale condividere tutto. Ray parla con Laurel per dirgli che Oliver ed Arrow sono la stessa persona ed avere l'appoggio della procura, ma Laurel prende le difese dell'amico e dunque Ray capisce che l'assistente procuratore in realtà è Canary. Felicity è preoccupata per come si stanno evolvendo le cose. Oliver sostiene che Ray non sia adatto per Felicity perché il miliardario è uguale a lui, ma Felicity non è della stessa opinione, perché, diversamente da Oliver, lui permette a Felicity di far parte della sua vita, come una compagna, ma Oliver sostiene che non si può essere un eroe e vivere contemporaneamente una vita normale. Ray attira l'attenzione di Oliver e Roy, conducendoli verso una trappola. Ray li affronta con la sua armatura, sconfiggendo facilmente Roy, poi affronta Oliver e, dopo un breve scontro, Ray capisce che Oliver è veramente una brava persona. Inoltre Oliver decide di avere fiducia in lui, propio come Felicty. Intanto Diggle, Lyla, Floyd e Carrie entrano nell'edificio dove sono tenuti gli ostaggi, ma scoprono che in realtà quelli non sono terroristi, ma mercenari assoldati dal senatore Cray. Lui aveva inscenato tutto per poi risolvere da solo la situazione, così avrebbe acquistato popolarità e nuovi voti per le prossime elezioni, ma non prevedeva che l'ARGUS sarebbe intervenuta. Cray decide di far uccidere Diggle, Lyla, Floyd e Carrie. Con dei flashback si scoprono molte cose sul passato di Floyd. Un tempo lui era un soldato, era sposato e aveva una figlia, ma quando si ritirò dall'esercito non riuscì ad adattarsi a quella che doveva essere una vita normale a causa degli orrori della guerra, divenendo sempre più pericoloso e aggressivo. Alla fine venne arrestato dopo aver minacciato sua moglie con una pistola. Mentre era dietro alle sbarre, una donna gli diede un ingaggio, per lavorare nell'HIVE, dandogli l'incarico di uccidere il fratello di John, Andie Diggle. Tornando agli eventi presenti, John e Lyla affrontano i mercenari di Cray, mentre quest'ultimo aziona una bomba con la quale distruggere l'edificio. Diggle, Lyla e Carrie scappano, portando in salvo gli ostaggi, mentre Floyd si sacrifica rimanendo sul tetto dell'edificio, per coprire le spalle ai suo compagni, permettendo loro la fuga. Floyd muore nell'esplosione. Lyla e Diggle tornano a casa, Cray la passa liscia, mentre Floyd viene accusato ingiustamente di essere lui il responsabile del sequestro. Lyla aveva provato a convincere Amanda a divulgare la verità, ma la cosa non è servita. Lyla informa Diggle che si è licenziata perché non vuole più lavorare per l'ARGUS e fare lavori sporchi, infatti Lyla vuole essere un buon esempio per Sara. Ray e Felicity hanno modo di parlare e i due fanno pace. Ad una riunione del consiglio cittadino, a cui prendono parte Ray, Laurel, Felicity, Quentin e il sindaco Celia Castle, quest'ultima viene uccisa con un colpo di freccia da Maseo.

Dopo uno scontro nelle vesti di ATOM, Ray viene ferito e Felicity é molto sorpresa quando vede sua madre con Ray all'ospedale. Intanto Ra's al Ghul rapisce il capitano Lance e gli rivela l'identità di Arrow. Dopo la rivelazione, essendo arrabbiato con Oliver, emette un mandato di cattura nei suoi confronti. Roy e Thea vanno a letto insieme e quando scoprono la notizia escono per capire cos'è successo. Nel frattempo, come se non bastasse, il team Arrow deve indagare sull'omicidio del sindaco Castle. Proprio quando sembra tutto perduto Roy si costituisce alla polizia fingendo di essere Arrow e così viene arrestato. Nei flashback ad Hong Kong Oliver e Akio stanno scappando da alcuni uomini pericolosi e, per caso, nel mezzo del mercato, si imbattono in una ragazza identica a Shado. Si rivela successivamente essere la sua gemella, disperata perché non sa che fine hanno fatto i suoi famigliari. Oliver alla fine le rivela che Shado e suo padre sono deceduti.

Roy è in carcere dopo essersi preso la colpa, spacciandosi per Arrow, ma Quentin è ben consapevole che in realtà è Oliver il vigilante. e che Roy lo sta solo coprendo. Quentin, mandato di perquisizione alla mano, fa mettere sottosopra il Verdant e trova il nascondiglio di Arrow, ma Felicity e Diggle avevano ripulito tutto il materiale dalle loro impronte digitali lasciando solo quelle di Roy. Oliver cerca di tirare fuori l'amico dal carcere, ma lui non vuole, ritenendo che in fondo se lo merita per la morte di quell'agente di polizia che uccise quando era sotto l'effetto del Mirakuru. Intanto Jake Simmons, un metaumano, inizia a mietere vittime con i suoi poteri. In passato Jake viveva a Central City e dunque tutto fa supporre che abbia ottenuto i suoi poteri durante il malfunzionamento dell'acceleratore di particelle degli STAR Labs. Oliver decide di fermarlo, ma se lo affrontasse nelle vesti di Arrow tutti scoprirebbero che quella di Roy è solo una messa in scena e la polizia arresterebbe Oliver, dunque l'arciere chiede a Ray di aiutarlo nella lotta. Ray, indossando la sua armatura, scova Jake e lo affronta, ma il metaumano lo sconfigge, quindi Ray batte in ritirata. Alcuni detenuti del carcere aggrediscono Roy, lui riesce ugualmente a difendersi, ma Thea si preoccupa per lui visto che non può cavarsela da solo contro l'intera prigione. Oliver cerca di istruire Ray facendogli capire che durante la lotta deve imparare a fare affidamento pure sul suo istinto e non soltanto sull'armatura e sulla tecnologia. Oliver si sente inutile, perché Ra's al Ghul ha ottenuto quello che voleva: ha privato Oliver dell'unica cosa che per lui aveva importanza, ovvero Arrow. Ray affronta nuovamente Jake, questa volta però è Oliver a manovrare l'armatura con un dispositivo, nonostante sia Ray a indossarla. Jake è in difficoltà, ma durante la lotta danneggia l'armatura, impedendo a Oliver di manovrarla, quindi Ray si vede costretto a combattere da solo. Così, proprio quando stava per perdere lo scontro, Oliver gli fa capire che lui ha il cuore di un vero eroe e, dopo aver ritrovato la fiducia in se stesso, Ray sconfigge Jake. Intanto, in prigione, Roy viene accoltellato da un secondino. Nei flashback del periodo passato a Hong Kong, Oliver decide di intrufolarsi nel nascondiglio dell'ARGUS per convincere Amanda con le cattive a lasciare in pace lui, Maseo, Tatsu e Akio, ma quando arriva vede che la base è stata attaccata dai militari e Amanda è gravemente ferita. Infatti non sono stati i suoi uomini ad attaccare Oliver e i suoi amici al porto, ma i soldati di Shrieve. Quest'ultimo ha intenzione di usare il virus per distruggere la Cina, noncurante delle vittime innocenti che esso provocherà, dato che il generale considera la Cina un paese troppo instabile e pericoloso. Amanda rivela a Oliver che quando i soldati di Shrieve contamineranno il paese con il virus, loro saranno immuni da esso grazie all'antidoto e consiglia ad Oliver di scappare. Oliver, Maseo e Tatsu entrano nella base di Shrieve e rubano l'antidoto: in questo modo non potrà attuare il suo piano. Tornando agli eventi presenti, il detective Lance dà a Oliver e Thea la spiacevole notizia che Roy è morto. Oliver è distrutto, ma Felicity e Diggle lo sorprendono con un cosa imprevista: Roy è vivo e, inoltre, è libero. Il secondino in realtà era una spia dell'ARGUS, amico di Lyla, e l'aveva accoltellato in un punto non vitale, con la lama del coltello intrisa di un particolare betabloccante che gli ha permesso di apparire morto. Adesso tutti penseranno che anche Arrow è morto, anche se purtroppo Roy non potrà più vivere a Starling City. Ray porta Jake a Central City, rinchiudendolo in una prigione degli STAR Labs. Cisco però informa Ray che c'è qualcosa di strano. Infatti Jake non era a Central City quando l'acceleratore di particelle venne azionato e quindi Jake deve aver ottenuto i suoi poteri in un altro modo. Roy se ne va via da Starling City, salutando i suoi amici. Thea, intanto, nel suo loft, riceve la visita di Ra'a al Ghul. Wuest'ultimo informa Thea che prima o poi Oliver prenderà il suo posto, ma Thea invece è di tutt'altra opinione affermando che suo fratello lo ucciderà. La ragazza poi affronta Ra's al Ghul, dopo aver tentato la fuga, ma dopo un breve combattimento il capo della Lega degli Assassini la sconfigge e la trafigge con la sua spada, per poi andarsene via.

Oliver, entrando nel loft di Thea, la vede per terra gravemente ferita e la porta di corsa all'ospedale, ma i medici non possono fare molto per lei: affermano che le rimane poco da vivere. Malcolm arriva in ospedale e si mette in ginocchio davanti al letto di Thea, piangendo. Maseo attira l'attenzione di Oliver con un fumogeno, Oliver lo raggiunge e lo colpisce con un pugno, pensando che sia stato lui a ridurre Thea così, ma l'uomo gli dice che è stato Ra's al Ghul e anche che Thea può essere salvata. Oliver parla con Felicity, Diggle e Malcolm, dicendo loro che la Lega salverà Thea, ma a patto che lui diventi l'erede di Ra's al Ghul, dunque Malcolm capisce che il Demone vuole salvare Thea immergendola nel Pozzo di Lazzaro, le acque magiche che hanno permesso a Ra's al Ghul di vivere per oltre 400 anni. Oliver, Malcolm, Felicity, e Diggle partono per Nanda Parbat, portando con loro Thea. Felicity chiede a Ray di usare il suo jet privato: Ray accetta la sua richiesta, ma decide di lasciarla capendo che lei è innamorata di Oliver. Arrivati a Nanda Parbat, Ra's al Ghul invita Oliver e i suoi amici a sistemarsi lì e Diggle ha modo di parlare con Maseo, rimproverandolo perché se fosse veramente amico di Oliver come afferma, non obbligherebbe quest'ultimo a fere quello che sta per fare, sostenendo che i membri della lega sono solo dei codardi che scappano dai problemi della loro vita e che Akio non sarebbe orgoglioso del padre se lo vedesse. Thea viene immersa nel Pozzo di Lazzaro, che rigenera all'istante tutte le sue ferite. Oliver deve rispettare i patti e prendere il posto che gli spetta come capo della Lega degli Assassini. Felicity parla con Ra's al Ghul dicendogli che lei e i suoi amici hanno i mezzi per combatterlo e che scatenerà una guerra contro di lui pur di evitare che obblighi Oliver a prendere il suo posto. Ra's al Ghul racconta a Felicity che un tempo lui era sposato e che aveva dei figli, ma che il suo predecessore lo mise davanti alla scelta di abbandonare la sua famiglia senza nemmeno dire loro addio, quindi Ra's al Ghul offre a Felicity la possibilità di passare un'ultima notte con Oliver. Felicity va a trovare Oliver nella sua stanza, passando la notte con lui. Dopo aver fatto l'amore con lui Felicity decide di brindare con Oliver, ma mette del sonnifero nel suo bicchiere, poi lei, Diggle e Malcolm, cercano di portare via Oliver e Thea da Nanda Parbat passando per le catacombe. I membri della lega cercano di fermarli, ma Maseo li aiuta a scappare; purtroppo però i membri della lega li circondano; Oliver però si risveglia e convince i guerrieri della lega a risparmiare i suoi amici, permettendo loro di andarsene con Thea. Nei flashback del periodo passato a Hong Kong, Oliver, Maseo e Tatsu cercano di impedire ai soldati di Shrieve di rilasciare il virus: purtroppo i militari hanno combinato Alfa e Omega. Maseo non è d'accordo con l'idea di fermarli, sostenendo che questa faccenda non li riguarda, ma Tatsu sostiene che è un loro dovere aiutare Oliver a salvare quelle persone. Purtroppo i loro tentativi di impedire i piani di Shrieve falliscono, perché il virus viene rilasciato. Tornando agli eventi presenti, Oliver dice addio ai suoi amici, abbraccia Diggle dicendogli che lo considera un fratello, infine bacia Felicity. Tornati a Starling City, Thea finalmente si riprende e Malcolm le racconta ciò che è successo. Inoltre, ora che è libero, desidera stare a Starling City per rimanere vicino alla figlia. Felicity va da Laurel e le dice che Oliver è perduto: Laurel abbraccia Felicity, la quale piange. Ra's al Ghul capisce che qualcuno ha cercato di aiutare gli amici di Oliver a scappare dalle catacombe ed obbliga Oliver a dirgli il nome del traditore, ma Oliver, per proteggere Maseo, decide di non dire niente. Maseo, però, confessa ugualmente e il suo padrone lo perdona, affermando che lui rivestirà un ruolo fondamentale per la trasformazione di Oliver. Dopo averlo sottoposto ad un rito ed averlo vestito con la divisa della Lega degli Assassini, Ra's al Ghul ribattezza Oliver con il suo nuovo nome, "Al Sah-him" (l'Arciere).

Oliver, diventato Al Sah-him ed entrato a pieno titolo nella lega degli assassini, viene addestrato personalmente da Ra's Al Ghul nell'arte della spada e subisce un forte ricondizionamento psicologico affinché rinunci ad essere del tutto Oliver Queen; a riprova di questo, durante uno degli allenamenti, viene portato innanzi a lui un intruso, che si rivela ai suoi occhi Jon Diggle (in realtà un prigioniero qualunque che appare come tale ad Oliver a causa di una droga datagli durante l'addestramento) che giustizia senza pietà. In seguito Ra's racconta ad Oliver di come un suo rivale per il titolo, Damien Darhk, scampato alla sua spada, abbia in seguito formato una sua organizzazione e che continua a recargli problemi dopo tanti anni. Inoltre gli rivela che anche Oliver e la sua vecchia squadra hanno avuto a che fare con i suoi complici (Mark Shaw e Gholem Qadir). Pertanto, il regno di Al Sah-him, a differenza del suo, dovrà essere libero da rivali ed Oliver deve eliminare il suo rivale al trono, ovvero Nyssa. La figlia del Demone si è trasferita a Starling City ove addestra Laurel sul combattimento e sulla sopravvivenza. Inoltre la ragazza inizia veramente a godersi la sua vita, diventando una buona amica di Laurel; in un momento di tranquillità però Laurel rivela all'amica dell'ingresso di Oliver nella lega e l'assassina, scossa, rivela che egli verrà a cercarla insieme ai suoi uomini per impedire qualsiasi sua pretesa all'eredità del Demone e decide di morire affrontandoli a viso aperto. Laurel per proteggere Nyssa chiede aiuto a Diggle e Felicity, i quali accettano seppur riluttanti all'idea di affrontare Oliver. Nel frattempo Al Sah-him, insieme a Maseo e ad altri membri della lega, entra in città, ma si reca da solo nel tetto dove è morta Sara cosciente che vi troverà Nyssa. I due assassini si affrontano ed Oliver sembra avere la meglio, quando giungono Laurel insieme alla sua vecchia squadra che lo costringono ad una ritirata. Oliver, consigliato da Maseo, fa rapire Lyla e minaccia Diggle, garantendo l'incolumità della moglie solo se la sua rivale gli verrà consegnata. Diggle non ci pensa un attimo a consegnare Nyssa alla Lega degli Assassini, ma Laurel cerca di convincerlo a non farlo, perché Diggle non è quel tipo di persona e se lo facesse perderebbe se stesso, come è appena successo ad Oliver. L'ex squadra di Oliver si presenta quindi al luogo dello scambio e apparentemente consegna la donna ad Oliver, quando Felicity, passa di nascosto delle armi a Lyla, che libera Nyssa e dà il via allo scontro. Mentre Maseo e gli altri affrontano Nyssa, Laurel e Lyla, Oliver affronta e ferisce Diggle, ma quando sta per dargli il colpo di grazia interviene Thea che lo ferisce al braccio con una freccia. Oliver quindi scappa portando con sé Nyssa. Felicity rivela a Thea che Roy è vivo e che lei dovrebbe raggiungerlo, dato che la giovane Queen, diversamente da lei, ha la possibilità di stare accanto all'uomo che ama. Nel flasback vediamo Oliver, Tatsu e Maseo fuggire da un Hong Kong nel caos e contrastare gli uomini del generale Shrieve intenti a diffondere il virus, quando, recuperata una macchina, i due giapponesi vedono il figlio presentare i primi sintomi del contagio Tornato a Nanda Parabat Al Sah-him riceve gli elogi di Ra's per aver, a differenza di lui stesso, sconfitto il suo rivale e gli ordina di uccidere Nyssa; ma prima che Oliver la colpisca Ra's lo ferma affermando che versare il suo sangue a questo punto sarebbe solo un atto di ingordigia da parte loro e che può essere messo a frutto unendo le loro famiglie: pertanto Nyssa diventerà la sposa di Oliver. Ra's al Ghul informa Oliver che deve fare ancora una cosa per diventare la nuova Testa del Demone: uccidere tutti gli abitanti del luogo a cui un tempo apparteneva, Starling City. Infatti una delle ragioni per cui aveva ordinato ad Oliver di riportare Nyssa a Nanda Parbat era dovuto al fatto che lei gli aveva rubato un'arma, che ora è nuovamente in suo possesso; la stessa arma che Oliver dovrà usare per eliminare tutti gli abitanti della sua città natale: il virus Omega.

Diggle, Laurel e Felicity continuano a combattere il crimine a Starling City, mentre Thea raggiunge Roy, il quale ora, sotto il nome di Jason, lavora in un'officina. Ra's al Ghul si appresta ad attuare il suo piano per eliminare tutti gli abitanti di Starling City con il virus Omega, per fare di Oliver il suo degno erede; è stato Maseo a donare al Demone il virus quando si presentò da lui per diventare un membro della lega. In realtà Oliver non ha perso la padronanza di se stesso, ha solo fatto finta di essersi abbandonato alla sua nuova natura; infatti lui e Merlyn stanno segretamente cospirando contro Ra's al Ghul. Oliver informa Merlyn che il suo nuovo padrone vuole usare Omega contro Starling City e gli dice di informare la sua vecchia squadra, facendosi aiutare da una sua vecchia amica: Tatsu. Intanto Ra's al Ghul cerca di convincere Nyssa con le cattive ad accettare l'idea di sposare Oliver, così i due concepiranno un figlio che avrà sulle spalle il destino della Lega degli Assassini, facendogli capire che a lui non importa se la figlia non lo ama, perché non ha scelta. Merlyn e Tatsu informano l'ex squadra di Oliver della minaccia e dovranno, perciò, andare a Nanda Parbat per fermare la lega. Felicity non sa cosa fare, ma Tatsu la incoraggia a combattere per Oliver, consigliandole di non fare lo stesso errore che fece lei quando abbandonò Maseo, permettendo alla Lega degli Assassini di plagiarlo. Merlyn, Diggle, Felicity, Tatsu, Laurel e Ray vanno a Nanda Parbat e affrontano la lega: Ray con la sua armatura distrugge il jet con il quale Ra's al Ghul voleva diffondere il virus, mentre Tatsu affronta Maseo. Lei lo rimprovera perché Maseo l'ha abbandonata quando aveva più bisogno di lui, ma gli dice pure che è ancora in tempo per redimersi, purtroppo però Maseo è determinato a combattere. Nei flashback del periodo a Hong Kong, le condizioni di Akio peggiorano, perché essendo lui troppo piccolo, ha un sistema immunitario troppo debole e il vaccino quindi non ha effetto. Maseo e Oliver fanno irruzione nella base di Shrieve nella speranza di avere la cura; Oliver, con arco e frecce, si fa strada tra i soldati uccidendoli, mentre Maseo spara alla spalla di Shrieve e lo costringe a seguirli, con le fiale dell'antidoto. I tre raggiungono Tatsu e Akio, ma purtroppo non c'è nessuna cura; infatti le fiale contenevano solo insulina visto che Shrieve è diabetico; Akio muore, mentre i soldati di Shrieve, che avevano seguito il loro generale, arrivano in suo soccorso. Tornando agli eventi presenti, Tatsu uccide Maseo, il quale la ringrazia perché finalmente lui si sente libero. La Lega degli Assassini cattura tutta la squadra. Inoltre Ra's al Ghul li informa che non voleva usare il jet per diffondere il virus, ma che era solo una trappola per farli uscire allo scoperto. Ra's al Ghul li chiude in cella, Oliver parla con Diggle dicendogli che in realtà non ha perso il controllo di se stesso, ma che fa tutto parte del suo piano per sconfiggere Ra's al Ghul; ma questo non fa altro che accrescere la rabbia di Diggle, dato che Oliver aveva preso Lyla in ostaggio mettendola in pericolo, di sua spontanea volontà. Oliver gli dice deve avere fiducia in lui, ma Diggle gli dice che ha perso fiducia nel suo amico e che ormai non lo rispetta più. Merlyn, per avere salva la vita, rivela a Ra's al Ghul che Oliver è un traditore, ma quest'ultimo afferma che Merlyn è solo un bugiardo. Roy, dopo aver passato dei momenti intimi e romantici con Thea, decide di lasciarla senza dirle niente, facendole consegnare una lettera in cui le spiega che Thea deve vivere la sua vita senza farsi influenzare da nessuno, compresi Merlyn, Oliver, e lo stesso Roy. A Nanda Parbat, Ra's al Ghul mette alla prova la fedeltà di Oliver e lo costringe a uccidere i suoi amici; Oliver, quindi, contamina Felicity, Diggle, Ray, Laurel e Merlyn con una fiala di Omega, rinchiudendoli nella cella; tutti tranne Tatsu, visto che lei è vaccinata contro il virus. Inizia la cerimonia nuziale di Oliver e Nyssa; quest'ultima cerca di uccidere il suo promesso sposo con un coltello, ma lui riesce a fermarla senza problemi e dopo questo breve imprevisto, la cerimonia continua, mentre gli amici di Oliver iniziano lentamente a morire.

Oliver è in viaggio con Ra's al Ghul e Nyssa verso Starling City, dove dovrà compiere l'ultimo gesto per dimostrare la sua fedeltà e diventare il nuovo erede del Demone: usare il virus Alfa e Omega per eliminare tutti gli abitanti della sua città natale. In realtà Felicity, Diggle, Ray, Laurel e Merlyn, rinchiusi in cella con una fiala del virus, non stanno morendo dato che Malcolm ha iniettato loro sottovena il vaccino, sintetizzato dal sangue di Oliver, il quale lo aveva assunto cinque anni prima. In loro soccorso arriva Barry Allen che li libera e fa capire loro che Oliver, nonostante il suo apparente cambiamento, in realtà, ha bisogno di loro. Intanto l'aereo che trasporta Ra's al Ghul, Oliver e Nyssa ha dei problemi in quanto è stato manomesso. Ra's pensa sia stata la figlia ma Oliver gli rivela che in realtà è stato lui. Dopo un combattimento tra Ra's e Oliver, il primo scappa dall'aereo con l'unico paracadute disponibile, promettendo vendetta ad Oliver fino alla fine dei suoi giorni. Oliver e Nyssa riescono a salvarsi mettendo in atto un atterraggio d'emergenza. Oliver si ricongiunge ai suoi compagni, spiegando loro cosa sia successo. Spiega loro che negli ultimi tempi ha tenuto vicino Malcolm in quanto era l'unico che conoscesse bene Ra's al Ghul e che potesse aiutarlo a sconfiggerlo. Inoltre fidarsi di Malcolm e agire di nascosto era l'unico modo per tenere al sicuro la città. Il piano di Oliver era di distruggere Ra's e il virus all'interno della Lega degli Assassini, ma non essendoci riuscito è stato costretto ad attuare un piano B, ossia sabotare l'aereo che trasportava Ra's e il virus, anche se questo significava sacrificare se stesso. Oliver fa le sue scuse ai compagni, ma Diggle non le accetta, e lo colpisce con un pugno, anche se decide di collaborare con lui in quanto questo è l'unico modo per salvare la città. Così il team Arrow si mette alla ricerca di Ra's. Felicity scopre che Damien Darhk, che era stato il rivale di Ra's per il titolo di erede al Demone, è in città, quindi l'ascesa di Oliver come Ra's era solo una scusa per usare il virus contro di lui. Così, decidono di provare a scambiare Damien con il virus, nonostante sia un piano spietato e senza cuore. Oliver entra nell'hotel in cui alloggia Damien, il quale però è già scappato dopo aver scoperto i piani di Ra's, trovando solo un suo emissario che viene ucciso da Ra's poco dopo. Nonostante Damien sia scappato, Ra's informa Oliver che ormai ha messo in atto la fine della città, spargendo il virus in quattro punti diversi, impedendo così ad Oliver e ai suoi compagni di avere il tempo di fermarlo. Intanto Laurel cerca di convincere il padre, il quale continua a bere, a mettere da parte l'odio che prova verso lei ed Oliver e a lavorare insieme a loro dato che la città è in pericolo. Felicity e Ray lavorano su un sistema di controllo in grado di neutralizzare il virus e ad un modo per diffondere il vaccino nel caso in cui non riuscissero nell'impresa, cercando nel frattempo di capire quali sono i quattro luoghi in cui Ra's ha deciso di spargere il virus. Felicity cerca di far ragionare Oliver sul fatto che sacrificare la propria vita per riuscire a sconfiggere Ra's non sia l'unico modo possibile e che deve combattere non per morire, ma per vivere. Il padre di Laurel decide di collaborare. Un uomo di Ra's raggiunge Oliver dicendogli che il suo padrone lo aspetta alla diga di Starling City ed è inutile provare a fermare l'attacco biologico, in quanto l'unico modo per vincere è batterlo a duello ed ucciderlo, perché fin quando Ra's al Ghul sarà vivo, continuerà a minacciare la città. Diggle trova un uomo con una valigetta e, convinto contenesse il virus, prova a fermarlo. Non ci riesce, ma in suo aiuto arriva Thea con il costume di Arsenal, che lo colpisce con una freccia. La valigetta è però vuota, perché in realtà Ra's al Ghul sta usando i suoi stessi uomini per diffondere il virus. Infatti l'uomo che la portava inizia a sanguinare, creando così il primo focolaio. Ray inizia quindi a lavorare ad un modo per riuscire a diffondere facilmente l'antidoto al virus attraverso la nano-tecnologia. Oliver raggiunge Ra's al Ghul alla diga ed iniziano a combattere. Ma anche i poliziotti raggiungono la diga con l'ordine di uccidere entrambi, in quanto sono i due uomini che hanno causato tutto questo. Lance informa Felicity, in quanto, nonostante l'odio che prova nei confronti di Oliver, non vuole che venga ucciso mentre sta cercando di salvare la città. Felicity cerca di convincere Ray ad andare ad aiutare Oliver, ma Ray non vuole, in quanto è convinto sia meglio sacrificare una sola vita che l'intera città. Nei flashback del periodo passato a Hong Kong, i soldati di Shrieve affrontano Maseo e Oliver; quest'ultimo li uccide con arco e frecce. Il corpo di Akio viene cremato e Oliver, Tatsu e Maseo prendono ciascuno le ceneri del bambino. Oliver, arrabbiato, tortura Shrieve e poi Maseo lo uccide sparandogli. Tatsu rimprovera Oliver per quello che ha fatto, perché torturare Shrieve lo ha trasformato in un mostro; Maseo, invece, vittima del senso di colpa, decide di abbandonare sua moglie. Tornando agli eventi presenti, Oliver riesce a sconfiggere Ra's al Ghul il quale, mentre sta morendo, gli consegna l'anello che lo rende a tutti gli effetti il nuovo erede del Demone. Oliver poi lo uccide. La polizia spara ad Oliver, che cade dalla diga. Viene salvato da Felicity che indossa la tuta di Ray. Intanto il vaccino viene sparso in tutta la città. Oliver si ricongiunge ai suoi compagni, ringraziandoli perché, nonostante lui sia stato sempre convinto di dover agire da solo, ha vinto grazie a loro. Dato che adesso la città è piena di eroi, Oliver si sente pronto ad abbandonare le vesti da giustiziere dato che ormai Ra's al Ghul lo ha privato dell'identità di Arrow. Inoltre dice a Felicity che, dato che non può allo stesso tempo essere Arrow e stare con lei, lui vuole stare con lei e andare in un posto lontano da Starling City. Diggle gli dice che è felice per lui anche se non sa se riuscirà a mettersi alle spalle quello che è successo tra loro. Nel flashback finale si vede Oliver che saluta Tatsu abbracciandola: lei ha deciso di andare a vivere a Kumamoto. Oliver invece, pur avendo la possibilità di ritornare a Starling City, decide di viaggiare per una meta ignota, sostenendo di non essere ancora pronto a tornare a casa dopo tutto quello che è successo a Hong Kong. Oliver consegna l'anello di Ra's al Ghul a Malcolm, che diventa quindi la nuova Testa del Demone; infatti la leggenda vuole che colui che sopravvive alla spada di Ra's al Ghul prenda il suo posto e quando Ra's aveva rapito Malcom lo aveva torturato con la sua spada; lui è ancora vivo e quindi, in un certo senso, ha i requisiti necessari per diventare il nuovo capo della lega. Thea dice a suo padre che, nonostante l'astio nei suoi confronti, lui l'ha resa una persona più forte. Oliver dice a Malcom che, nonostante abbiano lavorato insieme, non lo perdonerà mai per quello che ha fatto a Sara e sua sorella. Ray cerca di migliorare la sua tuta per la disseminazione anti-virale, ma qualcosa va storto e nel palazzo della Palmer Technologies avviene un'esplosione. A fine episodio si vede Malcolm nei panni di Ra's al Ghul. Nyssa gli dice che prima o poi avrà vendetta nei suoi confronti per aver ucciso Sara. Intanto Felicity ed Oliver vanno via dalla città e Oliver ammette di essere finalmente felice.