Dopo un violento naufragio, il playboy miliardario Oliver Queen è scomparso e ritenuto morto per 5 anni prima che venga ritrovato vivo in un'isola remota nel Pacifico. Tornato a Starling City, Oliver lentamente torna in contatto con i suoi cari. Ha acquisito nel frattempo molte nuove abilità nel tempo passato sull'isola e lontano dagli occhi della sua nuova guardia del corpo John Diggie, Oliver in segreto crea Arrow - un vigilante - per riparare gli errori della sua famiglia e curare le malefatte della società. Come Arrow, Oliver farà ammenda per i peccati commessi dalla sua famiglia e cercherà la redenzione di cui ha bisogno.

Mentre Oliver si trova in tribunale per la revoca del certificato di morte, emesso dopo il naufragio, scopre che Laurel porta avanti una causa contro il milionario Martin Sommers, anche lui sulla lista. Sommers, dopo aver preso parte ai traffici di droga della Triade cinese, è stato il responsabile della morte del padre di una giovane donna, la cliente di Laurel. Ma il milionario chiede alla Triade, la mafia cinese, di risolvere il problema riguardo all'avvocato Laurel Lance. Alla fine si giunge alla soluzione di uccidere la stessa Laurel. Oliver e Diggle, la guardia del corpo, si trovano casualmente a casa di Laurel e riescono a sventare l'omicidio.

Mentre Oliver sta cercando di convincere un altro dei nomi della lista a riparare ai propri errori, un misterioso uomo interrompe la discussione tra i due uccidendo l'obiettivo e ferendo Oliver. Tornato al suo nascondiglio, Oliver capisce di essere stato avvelenato dal proiettile che lo aveva colpito (era infatti un proiettile impregnato di curaro). Grazie all'utilizzo di misteriose erbe raccolte sull'isola riesce però a fermare il veleno in tempo e a ricucirsi la ferita.

Oliver chiede a Diggle di unirsi a lui nella lotta contro il crimine, ma Diggle non sembra intenzionato ad aiutarlo. Infatti, Oliver trova una nuova guardia del corpo, di cui non avrà difficoltà a prendersi gioco. Ma intanto un nuovo omicidio incombe su Starling City. Per eliminare l'uomo, qualcuno ha costruito prove false che hanno portato alla sua condanna a morte, per aver ucciso la moglie nella stanza della loro figlia. Oliver, sotto l'identità dell'Incappucciato, contatta Laurel perché assuma la difesa dell'uomo nelle sue ultime 48 ore. Insieme cercheranno di risolvere il caso, riuscendoci e aiutando l'innocente. Oliver dovrà però entrare nel carcere dove, con la copertura di una rivolta, tentano di uccidere Laurel e il suo assistito. Il detective Lance, in un video dell'aggressione di Deadshot vede Oliver che prende un cappuccio e quindi decide di farlo arrestare come l'Incappucciato. Nel frattempo, prima di essere arrestato Oliver, ottiene da Diggle l'aiuto che voleva nella lotta contro il crimine: la voglia di fare qualcosa di buono e la prospettiva di trovare l'assassino del fratello giocano un ruolo importante nel prendere questa decisione. Walter viene informato di un ammanco di 2,6 milioni di dollari dai capitali delle Queen Consolidated e svolge delle indagini. A quel punto sua moglie gli dice di aver usato quei capitali per aiutare la società di un amico, ma Walter incarica Felicity Smoak, del Reparto Informatico della Queen di trovare delle informazioni sulla transazione. Viene fuori che i soldi sono stati usati per creare una società che ha un magazzino in città, dove Walter ci trova i resti della Queen's Gambit, la barca del naufragio. Nei flashback sull'isola si scopre che Yao Fei, l'uomo che aveva colpito Oliver, cerca di convincere Oliver ad uccidere un animale per cibarsene.

Oliver viene accusato di essere il Vigilante e insiste con la madre perché chieda a Laurel di difenderlo. Laurel accetta e ottiene che Oliver rimanga agli arresti domiciliari. Oliver rinuncia all'offerta di infermità mentale e decide di sottoporsi ad un interrogatorio con la macchina della verità, durante il quale dichiara di non essere il Vigilante, ma rivela anche di non essere stato solo sull'isola, di essere stato torturato e di ritenersi responsabile per la morte di Sarah, la sorella di Laurel.

Nella città di Starling City stanno avvenendo molte rapine, nell'ultima delle quali ad un poliziotto viene sparato a sangue freddo. Ma Oliver non è interessato ad intervenire. Diggle cerca di far capire ad Oliver che se ha intenzione di fare giustizia nella città, deve vedersela anche con chi non fa parte della "Lista", dopodiché, con un sotterfugio, fa curare il poliziotto ferito nella rapina a spese di Oliver. Alla fine Oliver segue il consiglio del suo amico e arriva ad affrontare i rapinatori, una famiglia composta da padre, madre e due figli, che dopo che il padre è rimasto disoccupato, per colpa del padre di Oliver, sono passati alle rapine. Alla fine Oliver si scontra con i rapinatori e una guardia uccide il capo dei rapinatori. Lo studio legale "pro bono" di Laurel sta per rimanere senza sovvenzioni, e Tommy, per fare colpo su Laurel, decide di organizzare una festa per la raccolta fondi, durante la quale Thea, la sorella di Oliver, si dichiara innamorata di Tommy. Nei flashback sull'isola: Oliver ha delle visioni del padre, che lo incita a non mollare, a sopravvivere ad ogni costo, per sanare i torti fatti ad un'intera città. Oliver si accorge che scaldando le pagine del quaderno bianco che ha trovato sul corpo del padre, compaiono i nomi che comporranno la "Lista".

Mentre Oliver va ad un incontro con la madre, l'uomo che sta parlando con lei in strada, Paul Copani, viene ucciso da un giustiziere in motocicletta. Oliver cerca di prenderlo, ma non ci riesce. Si capisce subito che l'obbiettivo non era la madre di Oliver, ma l'uomo, che risulta essere un affiliato della mafia italiana, che fa capo a Frank Bertinelli. Oliver scopre che ci sono stati altri uomini della famiglia Bertinelli ad essere stati uccisi, e decide di avvicinare Bertinelli per capire chi ha rischiato di uccidere sua madre.

Dopo aver passato una notte romantica con Helena, Oliver cerca di farle capire che può sconfiggere suo padre e la sua impresa criminale utilizzando dei metodi meno brutali, facendogli capire che la giustizia è migliore della vendetta. Tommy non sa cosa fare ora che non ha più niente, Laurel gli consiglia di chiedere a Oliver un lavoro nel night-club che sta mettendo in piedi. Oliver porta Helena nel suo nascondiglio, Diggle è molto contrariato a tal riguardo e cerca di far capire a Oliver che Helena non sarà mai la persona che lui vuole farla diventare perché in lei è radicato qualcosa di oscuro.

Oliver scopre che da quando lui e suo padre sono scomparsi, Moira e Thea hanno smesso di festeggiare il Natale. Determinato a recuperare il tempo perso e per dare un senso di normalità alla famiglia Queen, Oliver decide di dare una festa di Natale. Tramite il notiziario Oliver viene a sapere che c'è un altro arciere il quale vuole o incastrarlo uccidendo le persone che sono sulla sua lista, che pare abbia anche lui, o prendergli il posto. Nel frattempo Tommy chiede a Laurel di passare il Natale con lui, ma lei gli fa notare che deve rimanere con suo padre, dato che il giorno di Natale è anche il compleanno della sorella Sara. Tommy suggerisce che forse il modo migliore per "guarire" è proprio quello di cambiare le cose, Laurel pero' non è sicura che suo padre sia pronto per questo. Durante la festa di Natale Oliver viene a sapere che Dark Archer ha rapito degli ostaggi e minaccia di ucciderli se il giustiziere non si presenterà. Così Oliver va ad affrontarlo ma viene ferito ed è costretto a scappare. Diggle lo porterà in ospedale dove dirà ai suoi familiari che è caduto dalla moto. In seguito si scopre che l'altro giustiziere non è altro che il padre di Tommy, Malcolm Merlyn. Egli, non essendo sicuro della fedeltà di Moira, rapisce Walter promettendo a Moira che lo riavrà indietro solo se lei rispetterà i loro piani.

La fiducia di Oliver in se stesso vacilla dopo essere stato battuto da Dark Archer e si prende una pausa dal suo alter ego Arrow per sei settimane. Tuttavia, quando Laurel chiama il "Giustiziere" per farsi aiutare nelle indagini sulla morte sospetta di un vigile del fuoco, lui accetta con riluttanza; ma la sua esitazione, durante la lotta, gli costa quasi la vita. Nel frattempo, Tommy fa beneficenza per i vigili del fuoco e Thea cerca di sollevare Moira dal suo stato depressivo.

Un furgone blindato viene rapinato da un gruppo di uomini, Oliver intuisce che, dal modus operandi di quei rapinatori, molto probabilmente devono vantare delle esperienze militari, quindi comprende che dietro a questi furti vi è dietro un membro della lista, Ted Gaynor; lui e la sua squadra, infatti, lavorano in un'agenzia di sicurezza privata la Blackhawk Security. Diggle è scettico all'idea che sia Ted il colpevole, per via del fatto che erano compagni d'armi nei corpi dei Marines ma, indagando più a fondo, lui trova le prove della colpevolezza dei Ted; Gaynor rapisce la cognata di Diggle e lo obbliga ad aiutarli nella prossima rapina. Intanto Malcom cerca di riavvicinarsi al figlio invitando lui e Laurel a cena ma, in seguito, si scopre che la cosa era solo una messa in scena; Malcom voleva solo la firma di Tommy per vendere la clinica gratuita della defunta moglie, Tommy però si rifiuta di farlo e la cosa lo spinge ad allontanarsi ulteriormente dal padre. Diggle si appresta a portare a termine il colpo ma alla fine fallisce; sotto le spoglie dell' Incappucciato Oliver corre in soccorso del suo amico e lo aiuta a salvare la cognata, infine, con un colpo di freccia, uccide Gaynor. Nel frattempo Thea, impegnata nei preparativi per la festa dei suoi diciotto anni, pensa che la madre e Malcom abbiano una relazione: sconvolta di aver trovato i due che parlavano anche alla sua festa, prende delle pastiglie, e finisce fuori strada con la sua nuova macchina, procurandosi solamente qualche graffio.

Thea fa un incidente stradale, la causa è da ricondursi alla droga che aveva assunto, il giudice decide di rinchiudere Thea in prigione per farne un esempio. La droga che Thea ha assunto si chiama Vertigo, Oliver e Diggle scoprono che dietro al traffico di questa sostanza c'è uno spacciatore che si fa chiamare il "Conte", intanto Oliver chiede a Laurel se può convincere il padre a far cambiare idea al giudice. Essendo Oliver riconosciuto come un capitano della bratva, lui e Diggle chiedono ad alcuni esponenti della mafia russa di organizzare un appuntamento tra loro e il Conte. Grazie ai russi Oliver e Diggle incontrano il Conte, ma purtroppo arriva la polizia e il Conte scappa; Oliver cerca di fermarlo ma il criminale lo mette fuori combattimento iniettandogli una siringa con dentro il Vertigo, Diggle riesce a portare Oliver in salvo. Oliver chiede a Felicity di analizzare la sostanza che si trova nella siringa, grazie alle sostanze rivenute nel Vertigo Oliver capisce dove viene raffinato e, nonostante sia ancora tramortito dalla droga, l'Incappucciato si dirige nel luogo; dopo aver messo fuori gioco gli uomini del Conte l'Incappucciato affronta il capo, in fine arriva la polizia ma il giustiziere scappa non prima però di aver iniettato una dose di Vertigo al Conte, il criminale non muore ma viene ridotto in stato di shock anafilattico da overdose permanente. Laurel e suo padre trovano un compromesso con il giudice, Thea riesce a evitare la prigione facendo del lavoro di volontariato nello studio legale di Laurel. Felicity consegna a Oliver la lista che Walter aveva trovato prima di scomparire.

Dopo aver ricevuto da Felicity la lista di Moira, Oliver e Diggle iniziano a sospettare che la donna abbia degli scheletri nell'armadio, ma Oliver non se la sente di puntare il dito contro sua madre. Laurel cerca di trovare le prove per incastrare il noto boss del crimine Cyrus Vanch, che dopo i problemi della Triade e del clan Bertinelli decide di assumere il controllo della criminalità della città, pertanto prende la decisione di catturare l'Incappucciato e dare una prova della sua autorità. Vanch fa rapire Laurel per spingere l'Incappucciato nella sua abitazione e spingerlo in trappola, nel frattempo Diggle fa da autista a Moira e tenendola sotto controllo riesce a registrare una conversazione tra lei e Malcom Merlyn in cui lei ammette di aver sempre saputo che l'imbarcazione di suo marito e suo figlio era stata sabotata. L'Incappucciato corre in soccorso di Laurel, purtroppo sembra che il piano di Cyrus abbia dato i suoi frutti, ma contro ogni pronostico il vigilante viene aiutato dal padre di Laurel che fa arrestare Vanch. Diggle fa sentire a Oliver la conversazione fra sua madre e Malcom, l'uomo deve accettare il fatto che la madre gli abbia mentito. Attraverso dei flash back si scoprono nuovi dettagli riguardo ad Oliver e la sua permanenza sull'isola e di come lui abbia incontrato Slade Wilson per la prima volta.

L'Incappuciato fa irruzione nell'ufficio di Moira per scoprire il suo coinvolgimento nella lista, purtroppo Oliver non trova il coraggio di far del male a sua madre e preso da un momento di incertezza Moira ne approfitta per prendere una pistola e sparargli. L'Incappucciato scappa dalla finestra e, ferito alla spalla, si reca nel parcheggio dell'edificio dove chiede a Felicity di aiutarlo rivelandogli la sua identità segreta: la ragazza lo porta nel suo nascondiglio dove Diggle cerca di aiutarlo grazie alla sua esperienza di pronto soccorso appresa nel corpo dei Marines. L'episodio è incentrato specialmente sugli avvenimenti accaduti a Oliver sull'isola: Slade confessa di essere un agente dei servizi segreti australiani, lui e il suo partner erano venuti per salvare Yao Fei dal comandante Fyers, ma Billy Wintergreen (l'uomo mascherato che aveva torturato Oliver) tradì Slade per lavorare sotto le direttive di Fyers. Slade cerca di addestrare Oliver per fare di lui un buon combattente, i due fanno irruzione prima nel campo aeroportuale e poi nell'accampamento di Fyers per salvare Yao Fei (ma l'uomo stranamente non vuole essere salvato), intanto Slade uccide Billy. In seguito si scopre che il motivo che aveva spinto Yao Fei a non liberarsi dalla sua prigionia è che Fyers tiene in ostaggio la famiglia dell'arciere, compresa la figlia. Oliver si riprende dalla convalescenza, lui e Diggle comprendono allora che è necessario far in modo che Felicity faccia parte della "squadra" mentre Oliver decide di sospendere momentaneamente le indagini su sua madre.

A Starling City, un ladro di gioielli detto “Dodger il furbo” compie dei furti utilizzando dei collari bomba: per scoprire la sua identità, Oliver viene aiutato anche da Felicity e la vicenda avrà colpi di scena. Queen ha dei flashback della sua vita sull'isola rammentando quando ha incontrato un uomo legato e ferito e si era rifiutato di aiutarlo credendo fosse una trappola di Fyers. Moira intanto cerca di accordarsi con China White per lasciare l’organizzazione e salvare Walter. Mentre era per strada, Thea viene rapinata da un ragazzo, in seguito decide di indagare e scopre che il borseggiatore si chiama Roy Harper. Per fermare Dodger, Oliver organizza un'asta in cui verrà esposto un costoso gioiello. Come supposto il ladro si presenta all'asta, Felicity lo individua e tenta di fermarlo ma le viene attaccato al collo il collare esplosivo. Prega Oliver di salvarla così egli inizia l'inseguimento usando una moto e alla fine riesce a fermarlo e a non fargli premere il bottone del telecomando del collare. Il padre di Laurel arresta Roy, ma Thea decide di farlo rilasciare, non sporgendo denuncia.

Oliver inizia una relazione seria con il detective McKenna, e la invita a cena da Laurel e Tommy, durante la cena arriva Malcom Merlyn che invita il figlio a una festa in suo onore per premiarlo come "filantropo dell'anno". Intanto Moira si accorda con Frank per pagare la Triade in modo tale che quest'ultima assoldasse un assassino per uccidere Malcolm durante l'evento. Alla cerimonia però, alcune cose non vanno secondo i piani della Triade che si ritrova a dover affrontare anche Oliver nella veste di Giustiziere, il quale riesce a far mettere in salvo Tommy e suo padre. Durante la fuga mentre Malcolm e Tommy finalmente si parlano, vengono improvvisamente attaccati nell'ufficio sull'attico da Floyd Lawton/Deadshot, il cecchino assoldato da China White della Triade, che ferisce con i proiettili al curaro Malcolm. Solo l'intervento del Giustiziere fa in modo che Malcolm si salvi effettuando una trasfusione di sangue tra lui e Tommy: ma per convincerlo che solo lui può salvare il padre, il Giustiziere è costretto a rivelargli la sua vera identità (quella di Oliver Queen).

Il club di Oliver si prepara all'inaugurazione mentre i rapporti fra lui e Tommy si fanno molto tesi per via del suo segreto rivelato. Helena Bertinelli torna in città per uccidere il padre prima che i federali lo mettano nel programma di protezione testimoni per via delle prove che lui fornisce su altri gruppi criminali. Thea incontra nuovamente Roy, il ragazzo che l'aveva salvata da alcuni aggressori che volevano derubarla, e i due iniziano a legare un rapporto di amicizia. Oliver invita McKenna alla serata di inaugurazione del locale e la serata inizialmente sembrava andare bene, ma Helena si presenta al club ed impone ad Oliver di aiutarla con la sua vendetta altrimenti lei ucciderà Tommy: Oliver non può far altro se non accettare e scopre dunque che la polizia detiene il padre di Helena in un furgone blindato. Helena riesce ad assaltare il furgone ma poi scopre che dentro c'è una squadra di poliziotti che l'arresta: Quentin e McKenna allora la interrogano e decidono di ridurle la condanna se lei rivelerà loro l'identità dell'Incappucciato (lei confessa che è in realtà Oliver Queen ma nessuno le crede), il quale arriva in suo soccorso e la porta in salvo. Helena, nonostante tutto, trova l'accampamento in cui le autorità detengono il padre e dopo avervi fatto irruzione cerca di ucciderlo ma l'Incappucciato la ferma e i due iniziano così a combattere; in seguito arriva McKenna e Helena le spara con un fucile per poi scappare. McKenna viene ricoverata in ospedale e decide di chiudere la sua storia con Oliver quando le tocca trasferirsi a Coast City per la riabilitazione.

Thea inizia una love story con Roy mentre nel frattempo Malcom cerca di scoprire chi aveva assoldato la Triade per assassinarlo. L'intera città è in agitazione a causa di Joseph Falk, un criminale che cerca di farsi giustizia da solo uccidendo un imprenditore disonesto e un procuratore distrettuale (che a dire di Falk non svolgeva a dovere le sue mansioni), inoltre trasmette dal vivo i suoi omicidi inviando dei video nei cellulari di tutti i cittadini della città. Falk decide di rapire Roy e Thea in lacrime finisce col disperarsi e a chiedere a suo fratello di aiutarla e allora Oliver chiede a Felicity di rintracciare il segnale quando Diggle capisce che le riprese vengono fatte all'interno di una vecchia galleria sotterranea abbandonata in cui un tempo c'era una metropolitana: l'Incappucciato corre dunque in soccorso di Roy e uccide Falk. Malcom scopre che a contattare la Triade è stato Frank Chen e con un colpo di freccia lo uccide. Attraverso i flashback del periodo passato sull'isola si scopre il modo in cui Oliver e Slade salvano la vita alla figlia di Yao Fei, dal momento che questa è a conoscenza dei misteriosi piani di Fyers. Oliver pensa ancora al misterioso simbolo che è disegnato sulla lista e guardando bene il quartiere di The Glades e le gallerie della metropolitana abbandonata capisce che le cose sono correlate.

Durante una festa al locale di Oliver, una ragazza fa uso di droga e quando esce in strada per andare a casa muore investita da un'auto. Il detective Lance rivela a Oliver e Tommy che la ragazza aveva assunto della Vertigo e crede che dietro a questa faccenda ci sia di mezzo proprio Tommy pensando che lui somministri la droga ai clienti del locale per farli divertire, inoltre analizzando i registri contabili viene riscontrato che Tommy ha prelevato diecimila dollari dal fondo cassa del locale per corrompere un pubblico ufficiale che doveva fare un'ispezione (in realtà però Tommy l'aveva corrotto per evitare che scoprisse il nascondiglio segreto di Oliver che si trova nei sotterranei del locale). Oliver si reca da colui che un tempo spacciava la Vertigo, il Conte, per sapere chi ha rimesso sul mercato la droga ma l'uomo si trova in un istituto psichiatrico per via della dose che Oliver stesso gli iniettò (la quale ha distrutto molte delle sue facoltà cerebrali rendendolo mentalmente instabile) e Oliver comprende dunque che non è stato lui a rimettere in commercio la droga. Diggle intanto continua a indagare su Deadshot (ovvero l'assassino di suo fratello) mentre Oliver sente al telegiornale la notizia che il Conte è scappato dall'ospedale. Oliver confessa a Tommy che in fondo pure lui sospettava che l'amico vendesse la Vertigo per intrattenere i clienti del club ma Tommy gli assicura che i suoi sospetti erano del tutto infondati; Oliver è però scontento del fatto che l'amico non lo abbia informato di aver corrotto quel pubblico ufficiale e che secondo lui il comportamento di Tommy è stato dunque troppo ambiguo, Tommy si arrabbia molto dicendogli allora che non ha nessun diritto di guardarlo dall'alto in basso per via del fatto che lui si è trasformato in un assassino. Un uomo che ha fatto uso della Vertigo impazzisce improvvisamente e inizia a minacciare delle persone che si trovano all'acquario della città, Oliver corre in loro soccorso e decide di portare Diggle con sé ma l'uomo non viene per via delle sue indagini su Deadshot, l'Incappucciato riesce comunque a portare a termine quest'altro compito. Oliver però si lamenta con Diggle accusandolo di essere egoista ma Diggle gli fa capire che pure lui ha le sue battaglie personali da combattere. L'Incappucciato scopre dove si nasconde il Conte (ma con grande stupore si accorge che l'uomo è ancora in pessime condizione mentali) e ad un tratto un uomo colpisce da dietro l'Incappucciato tramortendolo: Oliver dopo essersi ripreso scopre dunque che dietro a questa faccenda si nasconde il dottor Webb, il medico che si prendeva cura del Conte all'istituto. Infatti il dottore aveva prelevato dei residui di Vertigo dai reni del Conte e poi l'ha riprodotta per arricchirsi, inoltre aveva inscenato la fuga dell'uomo dall'istituto per sviare i sospetti su di lui. Il dottore scappa mentre il suo assistente si occupa di Oliver ma poi arriva Diggle che lo salva e allora l'Incappucciato insegue il dottore per ucciderlo con tre frecce anche se ancora in preda alle allucinazioni. Oliver ringrazia il suo amico per l'aiuto e gli promette che lo aiuterà a trovare Deadshot; Tommy decide di abbandonare la guida del locale e di porre un freno alla sua amicizia con Oliver.

Indagando su Deadshot, Oliver e Diggle scoprono che alcuni agenti speciali vogliono tendergli un'imboscata; Diggle però desidera ucciderlo e dunque lui e Oliver decidono di prendere parte alla loro iniziativa. La famiglia Moore, che si era rivolta allo studio legale di Laurel per fare causa ad un uomo d'affari disonesto Edward Rasmus, viene assassinata da un killer professionista assunto dall'uomo ma l'unico a sopravvivere è il bambino dei coniugi uccisi. Tommy è infastidito dalla presenza di Oliver nella vita di Laurel capendo che lui prova ancora qualcosa per lei e nel frattempo il bambino della coppia uccisa viene a vivere temporaneamente da Laurel. Il killer, per paura che il bambino possa identificarlo, fa irruzione nella casa di Laurel per ucciderlo ma l'Incappucciato lo mette in fuga; quando Edward Rasmus tenta di scappare da Starling City, Oliver per aiutare Laurel decide di fermarlo, ma contemporaneamente Diggle lo aspetta per l'imboscata programmata per la cattura di Deadshot. Oliver sceglie di catturare Rasmus mentre Deadshot uccide gli agenti che volevano arrestarlo; Diggle cerca di fermarlo ma il criminale lo mette fuori gioco e nonostante tutto lo risparmia dicendogli che la prossima volta non sarebbe stato così magnanimo. Diggle si arrabbia molto con Oliver rimproverandolo del fatto che mette sempre Laurel prima di tutti; Laurel e il bambino, su consiglio di Tommy, si trasferiscono per un po' da Oliver visto che la sua abitazione è la più protetta della città. Grazie all'Incappucciato Rasmus viene arrestato ma il killer che ha assunto lo uccide per evitare ulteriori problemi; in seguito si reca all'abitazione della famiglia Queen per uccidere il bambino ma Oliver riesce ad ucciderlo dopo un duro scontro al buio in giro per la casa. Diggle, non riuscendo a perdonare Oliver, abbandona la squadra mentre Laurel consegna il piccolo ai nonni; subito dopo Tommy a malincuore la lascia e Laurel in lacrime gli chiede il motivo (Tommy mentendo le dice che lo fa perché non se la sente di avere una storia seria quando in realtà lui ha paura che lei potrebbe amare Oliver più di lui se venisse a sapere che il ragazzo in realtà è l'Incappucciato). Durante i flashback dell'isola si vede come la figlia di Yao Fei cerchi di insegnare a Oliver a tirare con l'arco ma con scarsi risultati; la ragazza inizia a provare una certa attrazione per lui ma Oliver la respinge per via dei suoi sentimenti per Laurel nonostante non le sia vicino.

L'Incappucciato prende di mira un ragioniere che amministra i soldi di alcuni malavitosi della città e dopo aver rubato il suo portatile scopre che una delle somme di denaro da lui gestite è intestata a Dominic Alonzo, il proprietario di un casinò illegale, proprio per far sparire Walter (motivo per il quale si mette sulle tracce del patrigno). Felicity cerca di convincere Diggle a riunirsi alla squadra ma l'uomo impone che sia Oliver a venire da lui per riaverlo nel gruppo con tanto di scuse. Laurel cerca di capire perché Tommy l'abbia lasciata e lui le confessa la verità, ovvero che secondo lui Oliver sarebbe ancora innamorato di lei e che la ragazza nel profondo lo contraccambi. Grazie a Felicity, l'Incappucciato fa irruzione nel casinò di Alonzo ma non ottiene informazioni utili su Walter; quando Oliver capisce che sua madre è coinvolta nella sparizione dell'uomo la segue fino da Malcom Merlyn e scopre con grande sorpresa che è stato il padre del suo migliore amico a far rapire Walter, ma rimane ancor più stupito dal fatto che Moira l'avesse sempre saputo (inoltre sente una conversazione su un misterioso piano per distruggere il quartiere di The Glades). Oliver riesce a rintracciare l'accampamento in cui Walter è detenuto e uccide gli uomini di Malcom per salvare il suo patrigno. Walter viene ricoverato in ospedale dove Moira e Thea, felici di riaverlo in famiglia, lo abbracciano; Laurel va a trovare Oliver rivelandogli le incertezze di Tommy e chiedendogli di dire all'amico che i suoi sospetti sull'ipotetico amore che Oliver prova per lei sono solo frutto di paranoia, ma Oliver si rifiuta di farlo perché ammette che se glielo dicesse sarebbe solo una menzogna. Oliver si reca a casa di Diggle scusandosi con lui per averlo deluso e anche per non avergli dato retta quando l'amico lo aveva spronato ad indagare in maniera più meticolosa su sua madre. Con una serie di flashback si prende nota di alcuni avvenimenti risalenti ai sei anni precedenti, prima del naufragio di Oliver, in cui Malcom Merlyn, Robert Queen, Frank Chen e altri membri dell'impresa stabilirono che per salvare Starling City fosse stato necessario distruggere il quartiere di The Glades, il quartiere più malfamato della città, che secondo Malcom distruggeva l'intera città come se fosse un cancro: tuttavia Robert e Frank non erano molto d'accordo con l'approccio seguito da Malcom, dunque decisero di agire contro di lui nell'ombra.

Malcolm, per attuare il suo piano e vendicarsi dell'uccisione di sua moglie Rebecca, si rivolge alla UniDAC Industries una società attiva nel campo delle scienze applicate per creare un congegno molto sofisticato: una volta completato però, l'uomo sotto le vesti dell'Arciere Nero uccide tutti gli scienziati che avevano lavorato al progetto per evitare che potessero risalire a lui. Sia Oliver che la polizia non ci mettono molto a capire che dietro al massacro si nasconde l'Arciere Nero, inoltre viene rivelato che di recente la UniDAC si era messa in contatto con la società di Malcolm Merlyn. Thea aiuta Roy nella sua ricerca dell'Incappucciato (dal momento che il ragazzo desidera incontrarlo dopo che gli salvò la vita) e grazie alle risorse dello studio legale di Laurel, Thea riesce a entrare nel distretto di polizia e ascolta una conversazione del detective Lance in cui vengono menzionate la società della famiglia Merlyn ed il massacro dell'Arciere Nero. Laurel racconta a suo padre che lei è ancora innamorata di Oliver e contro ogni previsione il padre della ragazza non è contrario al riguardo ammettendo che Oliver è diventato in questi anni un uomo migliore. Intanto Oliver, scoprendo il coinvolgimento della UniDAC con la società di Malcolm, capisce che è stato lui ad assoldare l'Arciere Nero per uccidere gli scienziati; Oliver e Diggle allora narcotizzano Moira, Diggle finge di essere l'Incappucciato e fa credere alla donna di torturare Oliver obbligandola così a rivelargli il suo coinvoglimento con Malcolm confessando loro che la UniDAC aveva costruito per lui un congegno che creasse dei terremoti artificiali con il quale distruggere The Glades (saputo ciò Diggle la libera, la donna si avvicina al figlio ma lui la respinge inorridito da quello che la madre gli aveva nascosto fino a quel momento). Oliver capisce che suo padre non gli aveva dato la Lista per sconfiggere le persone i cui nomi erano scritti su di essa, ma proprio coloro che l'avevano scritta: Oliver riesce allora a far infiltrare Felicity nella società di Malcolm per violarne i sistemi informatici e scoprire dove avesse nascosto il congegno, nel mentre Oliver parla con Tommy e lo incita a ricostruire la sua relazione con Laurel. Oliver sorprende Thea e Roy nell'atrio e chiede ai due una spiegazione, Thea confessa che stavano seguendo la pista della polizia sull'Arciere Nero per rintracciare l'Incappucciato ma Oliver invita il ragazzo a desistere. Anche Walter non ci mette molto a capire che Moira sapeva molte più cose del suo sequestro di quanto non volesse far credere e dunque abbandona la casa e chiede alla moglie il divorzio, Thea lo sorprende mentre se ne va e l'uomo abbraccia la figliastra. Oliver va a casa di Laurel per mettere a confronto i sentimenti che prova per lei ma dopo una breve conversazione i due fanno l'amore, Tommy (che era andato dalla sua ex per ricostruire il suo rapporto come suggeritogli da Oliver) li guarda attraverso la finestra mentre sono in intimità con rabbia e delusione. Dopo aver hackerato i sistemi informatici di Malcolm, Felicity scopre che l'uomo ha nascosto il congegno in un magazzino a The Glades, Diggle va a cercarlo ma il dispositivo non c'è più. Attraverso i flashback dell'isola si scopre che Yao Fei aveva fatto in modo che Fyers catturasse sua figlia Shado, Oliver e Slade perché altrimenti Fyers avrebbe bombardato l'intera isola; finalmente il piano del comandante Fyers e di una misteriosa donna che l'ha commissionato viene rivelato: usare una postazione lanciamissili mobile per distruggere un aereo di linea per poi attribuirne la colpa a Yao Fei in un video (la distruzione dell'aereo avrebbe creato in tal modo un effetto a catena che avrebbe messo in ginocchio l'economia della Cina), infine Fyers lo uccide con un colpo di pistola. L'episodio si conclude con l'Incappucciato che fa irruzione nell'ufficio di Malcolm per farsi dire con le cattive dove ha nascosto il dispositivo (Malcolm difatti si era accorto che qualcuno aveva hackerato i suoi software e pertanto aveva trasferito il congegno all'ultimo momento) e affronta l'uomo che riesce però a tenergli testa, comprendendo dunque che è proprio Malcolm l'Arciere Nero: Malcolm sconfigge l'Incappucciato e scopre con grande sorpresa che si tratta di Oliver.

Oliver, battuto da Malcolm Merlyn nello scontro corpo a corpo, si ritrova imprigionato in una stanza buia dove Merlyn lo raggiunge assicurandogli che il progetto di distruggere The Glades sarebbe stato avviato quella notte stessa e che Oliver non avrebbe potuto far nulla per fermarlo. Dopo che Merlyn esce dalla stanza, Oliver riesce però a sfilarsi le catene grazie alle sue abilità fisiche e le usa per uccidere le guardie che sorvegliano l'ingresso. Oliver fa ritorno alla sua base, dove trova Felicity e Diggle che hanno capito dove si trova il dispositivo: è stato nascosto sotto terra proprio in corrispondenza del punto dove fu uccisa la moglie di Malcolm Merlyn. Oliver rivela allora ai due che Merlyn è l'Arciere Nero e cominciano ad ideare un piano per provare a fermarlo ma quando esce dalla base segreta e incontra Tommy ubriaco, gli rivela i piani malvagi del padre (i due hanno un diverbio ma Tommy comunque non ascolta l'amico e raggiunge allora il padre alla Merlyn Global Inc). Nel frattempo Felicity incontra il detective Lance, che la porta alla centrale di polizia per interrogarla sui suoi crimini informatici e sulla sua collaborazione con l'Incappucciato. Mentre ciò avviene Lance viene contattato proprio dall'Incappucciato, che gli rivela i piani di Merlyn e la sua identità di Arciere Nero e gli ordina di far evacuare The Glades. Attraverso il computer, Malcolm viene a sapere di una conferenza stampa speciale convocata da Moira Queen (che svelerà il Progetto, il coinvolgimento di Merlyn e tutte le sue colpe) e svela al figlio di essere lui l'Arciere Nero. Poco dopo, alcune guardie mandate da Lance tentano di uccidere Merlyn che però li finisce tutti; Tommy prende la pistola di una delle guardie e la punta contro il padre, intimandogli di arrendersi e di non fare del male a nessuno ma Malcolm riesce a neutralizzare Tommy e a scappare. Nei flashback sull'esperienza di Oliver nell'isola, lui, Shado e Slade riescono a mettere fuori gioco le guardie di Fyers e a deviare il missile sparato dal lanciamissili Scilla per evitare che questo colpisca l'aereo. I tre usano poi Scilla come copertura dalle guardie ma Fyers cattura Shado e la minaccia con una pistola: Oliver, usando l'arco, riesce a uccidere Fyers e a salvare Shado. Il detective Lance, guidato via auricolare da Felicity, raggiunge il punto dove è nascosto il dispositivo e riesce a sabotarlo salvando il quartiere The Glades (Thea, nel frattempo, corre a The Glades e porta Roy lontano da lì). L'Incappucciato e Diggle vanno alla Merlyn Global Inc. e trovano Tommy svenuto: dopo essersi assicurati che sta bene, arriva Malcolm con il quale Oliver ingaggia un violento scontro sul tetto dell'edificio al termine del quale trafigge Merlyn con una freccia, uccidendolo. Prima di morire, Malcolm dice indirettamente a Oliver che c'è un altro dispositivo nascosto sotto il CNRI, dove lavora Laurel e allora Tommy, uscito dall'edificio, raggiunge il CNRI che sta per crollare e salva Laurel dalle macerie. Oliver si precipita dentro anche lui ma trova Tommy in fin di vita, trafitto da una sbarra metallica che doveva sostenere il tetto. I due si riconciliano, ma quando Tommy chiede a Oliver se aveva ucciso Malcolm, Oliver stesso per pietà risponde di no: Oliver inizia allora a piangere guardando il corpo dell'amico deceduto mentre anche tutta la zona circostante viene giù.