15 gennaio 1993. Il superboss di Cosa nostra Salvatore Riina, è stato catturato dopo 23 anni e in carcere riceve la visita di un uomo, il suo amico d'infanzia Biagio Schirò che lo spinge a ricordare: nel 1943 Salvatore è un ragazzo di 13 anni di Corleone. Mentre lavora nei campi col padre, trova una bomba. Il padre di Salvatore vorrebbe recuperare la polvere da sparo dell'ordigno per rivenderlo ai cacciatori e ricavare qualcosa per arrotondare i suoi magri guadagni come bracciante. La bomba esplode uccidendolo e Salvatore diventa così il capo della sua famiglia con la quale è costretto a vivere in miseria. Stanco di vivere in povertà, Totò insieme ai suoi amici Bernardo Provenzano (detto Binnu), Calogero Bagarella e Biagio Schirò, inizia a lavorare per Luciano Liggio, picciotto del boss Michele Navarra, che rapisce e uccide Placido Rizzotto. Mentre Riina finisce in prigione per aver commesso l'omicidio di Domenico detto "Menico" (il figlio del mugnaio a cui Totò portava il grano da macinare), Schirò si dedica allo studio. Dopo sei anni Totò, ormai adulto, viene scarcerato. Ad aspettarlo fuori dal carcere ci sono Bernardo Provenzano, Calogero Bagarella e un nuovo membro della banda, Luciano Maino. Schirò, divenuto poliziotto, inizia ad indagare, insieme al nuovo commissario Angelo Mangano, sulla banda che fa capo a Liggio, che ha fatto uccidere il boss Michele Navarra ed è ormai intento ad espandersi verso Palermo. Intanto Totò conosce Ninetta Bagarella, sorella minore del suo amico Calogero, ragazza studiosa che frequenta il liceo classico, e se ne innamora. Ma scoprirà ben presto che è molto amica di Teresa, una giovane che frequenta Biagio Schirò.

Il clan corleonese al completo (Luciano Liggio, Totò Riina, Bernardo Provenzano, Calogero Bagarella e Luciano Maino) si prepara per andare a Palermo per una "parlata d'affari" con Salvatore La Barbera e Vito Ciancimino. Intanto in paese, Totò frequenta spesso Ninetta Bagarella, sorella minore di Calogero. Appena i Corleonesi approdano a Palermo, cominciano subito a farsi rispettare: prima uccidono un macellaio che non voleva pagare un carico di carne clandestina e successivamente ammazzano un ragioniere che aveva pagato il pizzo alla famiglia sbagliata. Una sera, mentre i Corleonesi sono in un night club (dove Maino conosce una ragazza, Maria Nigro, che poi lo indurrà a pentirsi), Salvatore La Barbera viene rapito e ucciso da Michele Cavataio. Tutti coloro che appartenevano al Clan dei La Barbera scappano da Palermo. Intanto Biagio scopre da Teresa che in paese girano voci sulla sua amica Ninetta e che in quello stesso giorno Totò sarebbe andato a casa di Ninetta a farle visita. La perquizione in casa Bagarella non dà risultati perché Totò è riuscito a nascondersi insieme all'amico Calogero e i due non vengono catturati. Il 30 giugno 1963, a Palermo, in contrada Ciaculli, viene ritrovata una Giulietta imbottita di esplosivo. Non appena il capitano apre il bagagliaio, l'auto esplode facendo sette vittime. In conseguenza di quest'avvenimento vengono arrestate numerosissime persone mentre altre si devono nascondere. Maino preferisce restare a Palermo con la sua ragazza invece di nascondersi insieme ai suoi compagni. Una sera, Totò promette a Ninetta che non si vendicherà di Teresa per la perquisizione, ma la ragazza ha già deciso di interrompere ogni rapporto con l'amica, in modo da poter continuare la sua relazione segreta con lui. Poco più tardi, mentre Totò e Calogero Bagarella stanno scappando da Corleone, una pattuglia della polizia ferma l'auto e Totò viene arrestato mentre Calogero riesce a scappare. Inizialmente fornisce dei documenti falsi, ma poi viene riconosciuto da Biagio. Qualche giorno dopo, Biagio riferisce a Teresa (appena diplomata) che Riina è stato preso e ora i due possono tranquillamente sposarsi. Ma intando, nei paraggi, Ninetta (anche lei diplomata) riesce a sentire tutto e scappa dalla scuola disperata. Schirò va dai genitori di Teresa per chiedere la mano della figlia e la ottiene. Pochi giorni dopo l'arresto di Riina, Maino comincia a collaborare con il giudice Cesare Terranova e racconta tutto quello che sa. Qualche tempo dopo viene arrestato dal commissario Mangano e da Schirò anche Luciano Liggio. Intanto, nel 1969, comincia il processo di Bari. Anche se Luciano Maino accusa Totò Riina di tutti gli omicidi che aveva già comunicato nel verbale scritto da Terranova, Liggio, Riina e tutti gli altri detenuti vengono scarcerati per mancanza di prove perché i giudici vengono minacciati. Totò è stato liberato, torna a casa e si fidanza con Ninetta. Pochi giorni dopo il processo, Luciano Maino viene trovato impiccato nella sua abitazione da Maria, la sua ragazza.

Biagio e Teresa, ormai sposati, hanno appena avuto un bambino (Antonio). Intanto a Palermo Riina e i suoi compagni vanno negli uffici di Michele Cavataio travestiti da militari della Guardia di Finanza. Il gruppo è composto da Totò Riina, Bernardo Provenzano, Calogero Bagarella e altri due uomini (soldati di Tano Badalamenti, il boss di Cinisi). Lo scopo dei Corleonesi è quello di uccidere Cavataio, che in precedenza aveva eliminato Salvatore La Barbera. Un soldato di Badalamenti, nervoso, ha troppa fretta di sparare e causa una strage: prima di arrivare da Cavataio vengono uccise altre 5 persone. Il gruppo arriva nell'ultima stanza, dove si trova Cavataio. Dopo aver aperto il fuoco, entrano nella stanza. Michele Cavataio si è tuttavia finto morto e, non appena Binnu e Calogero si avvicinano, egli si volta e spara, colpendo al petto Calogero, che muore, e scatenando la rabbia di Binnu che lo uccide, fracassandogli il cranio con il calcio del fucile. Schirò viene trasferito a Palermo e comincia ad indagare sulla strage di Viale Lazio. A Corleone, Totò rivela la morte di Calogero alla sorella Arcangela, la fidanzata dell'amico, e lei reagisce piangendo e dando uno schiaffo al fratello. Totò manda uno dei suoi uomini a prendere Ninetta (che è diventata insegnante in una scuola femminile) e le confessa l'accaduto. Ora, avendo bisogno di denaro da investire a Palermo, sequestra il piccolo Antonino Caruso e questo provoca il dissenso dei mafiosi palermitani, specialmente dei boss Stefano Bontade e Giuseppe Di Cristina. Intanto Vito Ciancimino è diventato sindaco della città. Il 5 maggio 1971 Riina ordina a Vito Maranza e a Pochet coffi, due suoi soldati, l'omicidio del procuratore Pietro Scaglione. Nel corso dell'agguato viene ucciso anche il maresciallo Lo Russo. Totò decide di partire con Ninetta prima di sposarsi; i due si fanno una foto insieme e la mandano ad Arcangela (sorella di Totò). La foto però viene trovata durante una perquisizione e per questo motivo decidono di allontare Ninetta, trasferendola al confino nel Nord Italia. Durante il processo, Vito Maranza, un uomo di Riina, va a casa di Biagio e, con la scusa di vedere un appartamento, porta Teresa al terzo piano di un palazzo in costruzione. Teresa e Antonio (moglie e figlio di Schirò) vengono liberati soltanto quando il giudice decide di non mandare al confino Ninetta. Luciano Liggio viene arrestato a Milano dal commissario Mangano: così Riina diventa capo supremo del Clan dei Corleonesi e viene scelto da Don Michele Greco come suo prediletto. Due soldati di Riina, incaricati di uccidere Giuseppe Di Cristina, sbagliano e uccidono l'autista. Intanto Totò e Ninetta si sposano. Vito Maranza e Pochet Coffi pedinano Giuseppe Di Cristina e scoprono che sta collaborando con il commissario Boris Giuliano. Alcuni uomini (Pippo Calderone, Badalamenti, lo stesso Di Cristina) cominciano ad avere dei rapporti freddi con Totò. Nella successiva riunione della Commissione Totò chiede la vita dei tre. Gli viene concessa solo quella di Di Cristina, ma lui fa uccidere anche Calderone. Silvio Albertini, un valido collega di Biagio Schirò, indagando su alcune carte, scopre il covo dove si nascondono Totò Riina con sua moglie e Bernardo Provenzano. Telefona a Biagio da una cabina telefonica e gli dice di venire. Ma arrivato, Schirò sale nell'appartamento e trova il cadavere di Silvio per terra. All'improvviso viene preso e picchiato da Vito Maranza e da Pochet Coffi. Allora si fa avanti Totò che avverte Biagio di lasciare stare la sua famiglia ma soprattutto Ninetta, e gli dà un colpo alla testa, lasciandolo svenuto e fuggendo con i suoi due uomini.

Troviamo da una parte Schirò e il commissario Boris Giuliano con i suoi uomini che vanno all'aeroporto di Punta Raisi di Palermo per arrestare dei chimici francesi, giunti in Sicilia per insegnare a Francesco Marino Mannoia (chimico della famiglia Bontade) a tagliare la droga, e dall'altra parte una riunione tra i più grandi boss mafiosi. Appena la polizia arriva all'aeroporto, il commissario Giuliano riceve una telefonata nella quale gli viene riferito che non è possibile arrestare i due francesi per mancanza di prove. Peppe (che ha un fratello in fin di vita), soldato di Bontade, accompagna Totò a casa e riceve una grande somma di denaro per curare il fratello in America. Intanto Totò e Ninetta hanno avuto due bambini (Concetta e Giovanni) e adesso aspettano un altro bambino. Schirò e il commissario Boris Giuliano scovano la raffineria dei Corleonesi. Dopo qualche indagine, Schirò scopre un'altra raffineria (questa volta di proprietà di Bontade); Marino Mannoia viene arrestato. Al rientro al commissariato, Giuliano riceve una telefonata intimidatoria. A Punta Raisi viene trovata una valigia piena di denaro, indirizzata a Bontade. Quest'ultimo a questo punto perde la pazienza e chiama ai suoi amici a Roma per lamentarsi del fatto che Giuliano sta esercitando troppa pressione. Per questo motivo chiede di farlo trasferire a Roma, minacciando di ucciderlo in caso contrario. Boris Giuliano manda la sua famiglia in vacanza in montagna con la promessa di raggiungerli nella settimana successiva, ma qualche giorno dopo viene ucciso in un bar da Leoluca Bagarella (Luchino). Intanto Ninetta comincia a sentire dolori, viene accompagnata in ospedale da Totò ma è solo un falso allarme. In città c'è qualcuno che spaccia droga tagliata male. Totò Riina scopre chi è il responsabile: si tratta di un certo Tanino, braccio destro di Salvatore Inzerillo, al quale Tanino sottrae la droga, che rivende. Totò cerca di "accaparrarsi" l'amicizia del cattivo spacciatore. Nella migliore clinica di Palermo, Ninetta ha appena partorito il suo terzo figlio (Giuseppe) ma viene vista da Teresa (che aveva appena scoperto di essere incinta). Spaventata, prende il suo bambino e scappa dall'ospedale insieme al fratello Leoluca mentre Teresa in preda alla paura telefona a Biagio per riferirglielo. Venuto a conoscenza dell'accaduto, Totò manda dei suoi soldati ad uccidere Teresa ma lei riesce a scappare. Appena il marito la trova, la vede con le gambe insanguinate: ha perso un figlio. Teresa decide di partire perché il lavoro di Biagio la sottopone a continui rischi e va ad abitare a Roma con suo figlio Antonio. Dopo qualche tempo viene raggiunta dal marito. Dopo un discorso fatto con Schirò, il giudice Gaetano Costa firma i mandati d'arresto per tutti i boss di Palermo e viene di conseguenza ucciso dai Bontade. Nel frattempo, all'ufficio istruzione di Palermo viene mandato Cesare Terranova, che viene fatto uccidere da Totò. Appena i boss palermitani vengono a saperlo, decidono di eliminare u Curtu. Totò cambia abitazione (poiché quella dove risiedeva era di proprietà di Stefano Bontade): tutti i palermitani sono ora contro di lui. Con l'aiuto di Tanino e Peppe, Riina riesce a sfuggire a tutti gli attentati contro di lui e, dopo poco tempo, fa uccidere Stefano Bontade, Salvatore Inzerillo e le loro famiglie. Quella che viene definita la "seconda guerra di mafia" produce numerosissimi morti. Alla fine della puntata, John Gambino, il più grande boss americano, giunge a Palermo per cercare di fermare gli omicidi. Totò Riina assicura e convince che non verrà ucciso più nessun uomo d'onore.

La quinta puntata inizia con Pio La Torre, segretario regionale comunista, che da una parte fa un dibattito a Corleone per impedire la costruzione di una base militare a Comiso e dall'altra parte con la Commissione riunita. Nella commissione vi è un certo Apuzzo, un carissimo amico di Tommaso Buscetta che finge di essere fedele a Totò Riina. Il commissario Mangano, ormai pensionato, consiglia ai magistrati di Palermo (che vogliono combattere la mafia a tutti i costi) Schirò come jolly per trovare tutti i più grandi latitanti e torna a Corleone per dire a Schirò di andare a Palermo per lavorare con Giovanni Falcone, Paolo Borsellino e Rocco Chinnici. Mentre Totò gioca con suo figlio Giovanni, Ninetta è di nuovo incinta e si sta preoccupando per le idee del marito. Totò allora decide di chiamare un paio di suoi soldati e ordina l'omicidio di Pio La Torre. Carlo Alberto Dalla Chiesa viene mandato a Palermo. La prima azione del generale Dalla Chiesa è quella di mandare dei suoi uomini a perquisire l'esattoria di Ignazio Salvo, potente uomo colluso con la mafia. Poco dopo il generale Dalla Chiesa viene ucciso dai "soldati" di Riina e di Nitto Santapaola. Viene ucciso anche Rocco Chinnici. Intanto Apuzzo si reca in Brasile da Tommaso Buscetta. Totò ne viene a conoscenza e fa uccidere lui e tutti i parenti di Buscetta. Don Masino viene arrestato per traffico di eroina. Nella prigione brasiliana viene torturato, ma non parla. Viene trasferito in Italia e comincia a collaborare con Giovanni Falcone, al quale spiega la struttura di Cosa Nostra. Dopo l'interrogatorio vengono arrestate centinaia e centinaia di persone, tra le quali anche Vito Ciancimino. Il 28 luglio 1985 viene assassinato il commissario Giuseppe Montana, che stava indagando insieme a Biagio sui morti della seconda guerra di mafia. Dell'omicidio viene accusato un giovane. Portato in caserma, Giacalone (appuntato della polizia) si lascia trasportare dalla violenza e uccide il ragazzo. Il questore Ninni Cassarà informa Falcone e viene aperta un'inchiesta dalla magistratura sull'accaduto. Teresa e Antonio (moglie e figlio di Schirò), che erano a Roma, tornano intanto a Palermo. Il 6 agosto 1985 Ninni Cassarà viene ucciso sotto gli occhi della moglie e della figlia. Intanto, nella casa circondariale dell'Asinara (in Sardegna), Falcone e Borsellino preparano il Maxiprocesso che, qualche giorno dopo, inizia i suoi lavori. Al termine del processo, Riina e Provenzano vengono condannati in contumacia mentre Michele Greco e Luciano Liggio e molti altri, presenti in aula di tribunale, vengono pure condannati all'ergastolo. La puntata si conclude con una sparatoria dove troviamo da una parte Schirò e dall'altra Vito Maranza e Leoluca Bagarella. L'esito della sparatoria è un morto (Vito Maranza) un ferito grave (Biagio Schirò).

Biagio Schirò è ferito gravemente a causa della sparatoria con Leoluca Bagarella e Vito Maranza. Viene portato all'ospedale e fortunatamente si salva, rimanendo però zoppo di una gamba. Totò Riina è nervoso poiché è stato condannato all'ergastolo. Ignazio Salvo rassicura Totò dicendogli che la sentenza verrà modificata in Cassazione. Totò ordina a Luchino il pedinamento di Ignazio Salvo. Per il titolo di capo dell'ufficio istruzione di Palermo ci sono due candidati: Giovanni Falcone e Antonino Meli. La nomina di Falcone sembra scontata ma il ruolo viene invece affidato a Meli. Riina ordina l'assassinio di Falcone a Pino Scarpuzzedda e a Luchino. Pino organizza un attentato alla casa al mare del giudice all'Addaura, presso Mondello, ma fallisce. Nei giorni seguenti Scarpuzzedda compie due rapine nella zona del boss Pietro Aglieri, uno in una gioielleria e l'altro al Banco di Sicilia. U curtu lo fa eliminare. Falcone viene trasferito a Roma. Ninuzzo Schirò decide di seguire le orme del padre, diventando anche lui poliziotto. La revisione della sentenza del Maxiprocesso non avviene neanche in Cassazione e Totò fa uccidere Salvo Lima. Qualche giorno dopo Totò Riina e Giovanni Brusca si incontrano per organizzare l'attentato a Falcone. Il giudice, recatosi a Palermo, viene ucciso con il tritolo al bivio di Capaci, insieme alla moglie Francesca Morvillo e alla scorta. Circa due mesi dopo viene ucciso anche Paolo Borsellino. Dopo la morte di Falcone, Borsellino si era dedicato totalmente alla ricerca degli assassini dell'amico e per questo era necessario eliminarlo. Alcuni soldati di Totò, su suo ordine, uccidono Ignazio Salvo. Intanto Vito Ciancimino viene contattato dal capitano dei carabinieri Li Donni nel tentativo di trattare con i Corleonesi per porre fine alle stragi. Totò Riina decide di trattare con lo Stato e prepara un "papello" con tutte le sue richieste. Binnu non è d'accordo con la "guerra alle istituzioni" che sta conducendo Totò e per questo ha con lui un'aspra discussione mentre sono a pranzo con Ninetta e Luchino. Una sera, mentre viaggia a bordo della sua auto, viene fermato e portato in carcere Baldassare Di Maggio (Balduccio). Anche lui decide di diventare un collaboratore di giustizia e fa arrestare Totò, rivelandone il nascondiglio in via Bernini, a Palermo. Dopo l'arresto del marito, Ninetta e i suoi figli (Concetta, Giovanni, Giuseppe e Lucia) tornano a Corleone. A casa di Totò, Luchino, Binnu e Giovanni Brusca prendono tutti i documenti che potrebbero essere ancor compromettenti. La puntata termina con un commovente dialogo tra Schirò e Totò Riina.