La squadra viene chiamata a Flagstaff, in Arizona, dove alcune studentesse del college vengo rapite ed uccise. La direttrice ha intenzione di chiudere il campus, ma Gideon non è d'accordo. Intanto la coordinatrice della sezione BAU Erin Strauss chiama in continuazione l'agente Prentiss che dovrebbe tenerla al corrente di ciò che accade all'interno della squadra. Emily non si sente a suo agio nel ruolo di spia. Il team è pronto per un profilo: l'assassino è un uomo bianco, che non incute timore, fa parte del personale del campus. Gli agenti pensano che si tratti di una guardia notturna, poiché queste hanno a disposizione dei Taser come quello utilizzato dall'assassino. Inoltre il killer si accanisce sulle donne dai capelli bruni. Nota: tutto l'episodio è raccontato fuoricampo da Gideon, il quale sta scrivendo una lettera di addio nel suo cottage.

Gideon è sparito, mentre Hotchner è a casa poiché è stato sospeso. La squadra ha bisogna di un altro componente e la Strauss decide di accompagnare JJ, Morgan e Reid a Milwaukee, dove alcune donne sono state trovate morte con il cuore asportato. Morgan chiama più volte Hotch per farsi dare dei consigli poiché in due non possono stilare un profilo completo. Una donna viene rapita in un supermercato e il video della sorveglianza rivela che ad attirarla è stata un bambino. Morgan intuisce che probabilmente il serial killer usa il figlio per scegliere le vittime.

Uno psichiatra che ha abbandonato il suo lavoro da un anno, ha iniziato a uccidere. L'uomo attira persone appena arrivate a Portland illudendole di poterle aiutare a superare le loro fobie. Successivamente conduce i pazienti nel suo finto studio e li convince a praticare una terapia mirata a combattere le loro paure. Nel frattempo la polizia trova alcuni cadaveri lungo un sentiero, tutti sono morti di morte violenta: soffocamento, annegamento, bruciati vivi, ecc. Sembrano non avere nessun collegamento tra loro a parte l'essere appena arrivati in città. I modus operandi difatti variano ogni volta. Gli agenti del BAU vengono contattati dalla polizia locale e non riescono a ricavare nulla dalla vittimologia. Andando nei posti più frequentati dai nuovi arrivati in città, gli agenti trovano dei volantini di uno psichiatra che spiega il suo lavoro nel campo delle fobie. Intanto l'S.I. ha convinto un giovane ragazzo con la paura dell'acqua a immergersi in un fiume. Il ragazzo preso dalla paura chiede aiuto al medico che al posto di aiutarlo lo lascia morire e prende appunti nel suo taccuino. Successivamente accoglie nel suo studio un'altra donna con la paura di essere sepolta viva. Il profilo degli agenti del BAU indica uno psichiatra che ha subito molestie, probabilmente è sposato e ha adottato dei figli. Garcia fa una breve ricerca e trova un certo psichiatra che ha lasciato il suo lavoro un anno prima, dopo la morte della madre, e che a quanto pare ora ha uno studio-fantasma. Prentiss e JJ vanno a casa sua e parlano con la moglie che non era a conoscenza della fine del lavoro di suo marito e dice loro che l'unico posto dove poter fingere di avere uno studio è un edificio che possiedono in centro città. La squadra va a cercarlo ma quando lo trovano lo psichiatra si getta dal tetto morendo sul colpo. Reid trova il suo taccuino in cui ha descritto la fobia della sua nuova paziente e intuiscono che questa sia nello scantinato dell'edificio. Infine la trovano, ancora viva ma col polso molto debole, sepolta sotto un cumulo di terra. Sull'aereo di ritorno a casa, Hotch confessa a Morgan che la moglie lo ha lasciato e ha portato via con sé il figlio.

A Denver intere famiglie vengono violentemente uccise tra le mura domestiche da due serial killer, uno particolarmente aggressivo e l'altro molto schivo e sottomesso. Il BAU è chiamato a indagare sugli assassini, i quali probabilmente sono stati vittime di abusi da parte della loro famiglia adottiva. Proprio per questo vanno in cerca delle altre famiglie adottive, uccidono a botte i genitori e "addormentano" i figli. L'unica superstite, un'adolescente, Carrie Ortiz, riconosce uno dei due aguzzini e lo fa arrestare. Questi fa il nome del complice, che nel frattempo ha fatto amicizia con uno dei bambini in affido alla famiglia che da piccolo aveva tormentato lui. L'uomo viene catturato e il bambino ricondotto a casa. Proprio mentre Morgan sta avviando il motore per andare via, dalla casa giunge un rumore di sparo: il killer aveva lasciato al bambino la sua pistola, per permettergli di vendicarsi e di uccidere la donna che, in passato e ancora oggi, tormentava i ragazzini. Il piccolo però non le ha sparato, l'ha solo spaventata e viene condotto via e salvato. Emily nel frattempo si è affezionata a Carrie e vorrebbe portare la ragazza con se a Washington.

Una bambina è scomparsa in un centro commerciale e tutto sembra somigliare al rapimento avvenuto una settimana prima, in un altro centro commerciale della città: la bambina era stata rapita e poi trovata morta tre giorni dopo. Per questo nuovo rapimento la polizia locale contatta subito il BAU per capire se c'è un collegamento con quello precedente. Gli agenti del team interrogano la madre e il padre della bambina, la zia, lo zio e il cuginetto, l'ultimo ad averla vista. I due bambini stavano giocando in una sala giochi del centro commerciale mentre i genitori facevano compere nei negozi vicini. Ad certo punto la bambina scompare e la zia chiama subito il 911. Con tutte le uscite chiuse, il S.I. è sicuramente rimasto all'interno e nasconde la bambina da qualche parte. Numerosi agenti iniziano a cercarla nell'edificio. Osservando i comportamenti dei parenti, l'agente Prentiss si accorge di alcune anomalie.

Una donna, rientrando a casa, trova sulla porta un volantino con la sua foto e la scritta "Have you seen me?" (Mi hai visto?). Spaventata si rivolge ad un amico poliziotto, il quale promette di passare a vedere come sta a fine turno. Quando l'uomo si reca da lei è troppo tardi: la donna è sparita e qualcuno ha lasciato una maschera bianca senza espressione con la scritta sulla fronte "One" (Numero Uno) e numerosi volantini come quello trovato dalla vittima appesi ai muri della stanza. Subito viene avvisato il BAU e gli agenti si recano sulla scena del crimine. A loro si unisce come consulente l'agente Rossi. Nella stessa città del Texas, un'altra donna di ritorno da una passeggiata con il cane, trova una staccionata nel suo isolato tappezzata di volantini con la sua foto e la solita frase. Presa dal panico, scappa, compra un fucile e si rifugia in un motel. L'altra donna sparita viene trovata morta. La seconda donna scomparsa chiama l'FBI e comunica di essersi nascosta in un motel, ma quando gli agenti ci arrivano la donna è già sparita e al suo posto trovano una maschera con su scritto "Due" sulla fronte e vari volantini con la sua faccia sparsi per la stanza. Il team capisce che l'S. I. deve aver avuto un'apparecchiatura tecnologicamente avanzata per captare la telefonata della donna e capire così di aver poco tempo per rapirla e spargere velocemente i volantini nella stanza. Nel frattempo il team esamina il modus operandi e delinea un profilo: un uomo bianco, di statura e peso medio, che ha probabilmente un lavoro in cui non ha cariche eccessive, ma piuttosto è "uno dei tanti". La scritta "Mi hai visto?" è infatti probabilmente riferita a sé stesso che non riesce a fuoriuscire dalla massa. Il team sa che questi tipi di S.I. spesso contattano la polizia, poiché vogliono comunicare la loro rabbia. Hocht non ha nemmeno finito di dirlo che al tg sentono parlare delle maschere, un particolare che JJ aveva cercato di tenere nascosto alla stampa. David Rossi, già arrivato alla conclusione di dover contattare l'S.I., ha infatti detto ai giornalisti che secondo il BAU le maschere sono segno di impotenza. Pochi minuti dopo l'S.I. telefona e Rossi gli parla il più possibile, facendolo arrabbiare e causandogli una crisi di nervi. Garcia scopre che l'S.I. chiama dagli uffici di una società di comunicazioni hi-tech, le cui porte vengono subito sigillate e l'S.I. non ha così via di scampo. Gli agenti corrono all'interno per cercare un uomo che abbia appena avuto una crisi di nervi o che abbia fatto una scenata. Tutto fa pensare a un impiegato che estrae un'arma e Hotch e Rossi sono costretti a sparargli. Sperando che la vittima si trovi a casa sua, gli agenti vanno a cercarla. Per fortuna la donna è ancora viva e viene trasportata via dai paramedici. La squadra torna a Quantico e l'agente Rossi decide di prendere il posto di Gideon.

La squadra parte per lo Stato del Montana per indagare sull'omicidio di tre donne. L'ultima donna è stata rapita da un negozio di generi alimentari da un membro di una milizia anti-governativa, Francis Goehring. Quando il rapitore è stato fermato e messo alle strette dalla polizia si è fatto saltare con una granata senza lasciare alcun indizione per poter localizzare l'ultima vittima. Gli uomini della BAU concentrano la loro attenzione sull'ambiente della milizia. Quando una quarta donna viene rapita davanti ad un distributore di benzina, le ricerche dei federali puntano su di un ragazzo che ha assunto l'identità del suo mentore ed istruttore. Nel frattempo, viene individuato il luogo nel quale le donne sono state tenute prigioniere e torturate. Alcune cassette contengono il delirante manifesto di morte dell'assassino e la certezza della presenza di molti altri cadaveri.

A Bridgewater, in Florida, una nuova catena di omicidi è al centro di una indagine della squadra FBI. Le modalità delittuose fanno ritenere i federali che le vittime potrebbero essere state uccise dagli adepti di una setta satanica. Per questo motivo, i detective cercano la collaborazione di un sacerdote locale. Una volta entrato nella chiesa, Morgan manifesta un comportamento bizzarro che incuriosisce Rossi. La pista conduce i federali ad un paziente rilasciato da un istituto psichiatrico al compimento della maggiore età. La mutilazione eseguita sui cadaveri dimostra che l'assassino potrebbe essersi cibato di parte dei corpi delle sue vittime. Intanto, l'appuntamento di Penelope Garcia con l'uomo dei suoi sogni finisce in modo tragico.

Garcia è stata colpita. Fortunatamente il proiettile non è letale e dopo l'operazione che la rende fuori pericolo, si ristabilisce in fretta per aiutare la squadra ad arrestare il colpevole. Purtroppo il nome fornito dal misterioso accompagnatore è falso, così come il lavoro. Una commissione dell'FBI poi inizia ad indagare su di lei per via di alcuni file secretati sul suo pc. Questo fa sì che Penelope venga sospesa dal lavoro e tutto il suo operato venga controllato da un altro tecnico informatico. Nel frattempo la squadra cerca di scoprire il colpevole anche senza l'appoggio del Bureau mentre viene ucciso un poliziotto messo a guardia dell'abitazione di Garcia. Il BAU scopre finalmente la ragione della "caccia" nei confronti di Penelope: la ragazza fa volontariato presso le famiglie di chi è stato vittima di uccisioni violente e, andando al di là dei propri compiti, mette nel computer dell'FBI alcuni fascicoli dei casi irrisolti, in modo che non vengano dimenticati e così consolando le famiglie in lutto. Il colpevole di alcuni di questi casi ha tentato di uccidere Garcia, e cosa incredibile, è un poliziotto che chiede all'FBI di cancellare tali file, fortunatamente il tecnico sostituto di Garcia avvisa la squadra.

A Los Angeles i poliziotti sono alle prese con un presunto serial killer che sta uccidendo i componenti di una nota e malfamata banda, in un modo orribile. Il BAU interviene e dopo le consuete indagini, si scopre che questo assassino era una persona normale, ha iniziato ad uccidere dopo un evento traumatico. Il dito si punta su un disegnatore di fumetti (interpretato da Frankie Muniz), al quale la banda ha barbaramente ucciso la ragazza incinta, che disegna con precisione le scene del crimine, ma non ricorda nulla.

Nella cittadina di Fredericksburgh, in Virginia, stanno sparendo giovani donne. La prima è stata ritrovata morta dopo essere stata picchiata e seviziata. Ci sono altre due ragazze scomparse. Tutto questo risulta ancora più inquietante in considerazione del fatto che già ventisette anni prima nella stessa cittadina erano morte diverse ragazze nello stesso modo, poi gli omicidi si erano misteriosamente interrotti. Lo sceriffo chiede l'aiuto del BAU e la squadra si reca sul posto ad indagare. Si scopre così che esiste una sopravvissuta, una donna che ventisette anni prima era riuscita a scappare dalla segregazione e a salvarsi. Purtroppo nessuno le credette all'epoca, in quanto era stata drogata e già prima era una sbandata. Finalmente si arriva al colpevole dei precedenti omicidi, effettivamente morto 27 anni prima e adesso i sospetti puntano sul figlio che ha la stessa età del padre quando aveva iniziato la scia di sangue.

Il BAU viene interpellato e si reca in California per tracciare il profilo di un nuovo killer che ha rapito due ragazze, uccidendone una. Investigando, si scopre che il padre della ragazza che è ancora in mano ai rapitori è un importante teste, che dovrà testimoniare in un processo di lì a pochi giorni. Quest'uomo è in realtà un killer della mafia, che per proteggere la vita di sua figlia (la madre è morta in un incidente, che in realtà era stato architettato per uccidere lui), è entrato nel programma di protezione dei testimoni. Nel frattempo viene ritrovato morto un adolescente, probabilmente uno dei rapitori. Ci si convince perciò che il processo non c'entri nulla con il rapimento, ma le cose precipitano.

Acquistando il contenuto di un box ad un'asta in Philadelphia, i nuovi proprietari trovano una serie di indizi inquietanti, che lasciano supporre che l'autore abbia commesso una catena di delitti. Pur non avendo alcun cadavere, l'agente Jill Morris decide di chiamare il BAU, per investigare su questo presunto serial killer. L'agente Morris è molto ambiziosa e, pur esprimendo la sua grande ammirazione per il lavoro della squadra e soprattutto dell'agente Rossi, non esita a "disobbedire", indicendo una conferenza stampa per divulgare notizie e mettersi così in mostra di fronte ai media. Invogliato dalla crescente attenzione del pubblico, il soggetto ignoto chiama la linea telefonica dedicata per le indagini e rivela la posizione di altre due vittime. Ma l'assassino è intenzionato a scrivere il resto della sua storia con l'aiuto di Jill, perciò la rapisce. La squadra si trova a dover lottare contro il tempo per riuscire a salvare Jill dal maniaco.

In questo episodio si scopre finalmente il motivo per cui l'agente David Rossi è rientrato nella BAU - vale a dire il "lavoro in sospeso" cui Rossi aveva accennato parlando con l'agente Hotchner nell'episodio 6. Si tratta del brutale omicidio di una coppia, risalente a venti anni prima, in seguito al quale tre bambini sono rimasti orfani, crescendo tra grandi difficoltà. L'agente Rossi, che allora aveva lavorato al caso, non era riuscito a scoprire il colpevole. Tormentato dagli incubi e dai rimorsi, egli decide di tornare a Indianapolis, sul luogo del delitto, per svolgere nuove indagini, benché in veste non ufficiale. Venuti a conoscenza di quello che sta facendo, Morgan, Prentiss e JJ decidono di raggiungerlo, per aiutarlo. Hotch e Reid si trovano invece in Connecticut, dove un serial killer detenuto nel braccio della morte li ha chiamati per poter parlare con loro prima dell'esecuzione. Intanto si scopre che Garcia ha una relazione con il collega Kevin Lynch.

Una serie di suicidi sconvolge la città di Pittsburgh (Pennsylvania). Le cinque vittime sono accomunate dal fatto di essere i genitori di alcuni tra i 14 bambini morti nell'incendio di un centro ricreativo della città, qualche mese prima. La squadra viene chiamata sul posto da un agente di polizia, il quale non crede che si possa trattare di suicidi. Il giudizio dell'agente potrebbe tuttavia non essere imparziale, dal momento che il fratello stesso è nell'elenco delle vittime. Morgan, in particolare, è convinto che non si tratti di omicidi seriali. Dopo la morte per impiccagione di una giovane donna che sembrava aver superato la perdita del figlio, tuttavia, la squadra prende in considerazione l'ipotesi che questi suicidi siano l'opera di un particolare serial killer, definito "angelo della misericordia", che uccide le sue vittime per liberarle dalla disperazione. Si scopre che tutte le vittime frequentavano dei gruppi di recupero anonimi.

La squadra viene chiamata in Texas per investigare su un'esplosione e il conseguente omicidio di alcuni poliziotti del luogo che si erano attivati per fermare l'incendio. Emerge che un giovane ragazzo nato e cresciuto nella città, da sempre vessato dal padre e istruito come un militare, ha deciso di farsi "giustizia da sé", uccidendo il padre violento della sua fidanzata, i compagni di scuola che lo avevano umiliato ed anche uno studente che aveva approfittato anni prima della sua fidanzata. In seguito ha convinto la ragazza -ignara di tutto- a fuggire con lui. In questo episodio sia Morgan che Reid dicono di essere stati anche loro ragazzini vittime di bullismo, e ricordano le loro storie. In particolare Reid è molto arrabbiato con la scuola e con la cittadinanza tutta che poteva intervenire ad aiutare il ragazzo, ma nessuno lo ha mai fatto. La squadra, alla fine, riesce a contattare la ragazza tramite un cellulare e convincerla che il ragazzo che ha di fianco è pericoloso e farla fuggire.

La squadra è a Miami per indagare su strane morti di turisti, tutti uomini e tutti in viaggio soli. Tra loro c'è anche un poliziotto. La squadra comprende subito che i morti sono tutti omosessuali e arriva a capire che l'assassino ha un grande disturbo di personalità, per cui si impossessa della personalità delle sue vittime, questo a causa di una grave confusione sessuale. Tra i collaboratori del caso c'è l'agente William La Montaine, collega del poliziotto ucciso, che ha anche una storia con J.J., che lei non vuole far sapere alla squadra.

Una donna viene perseguitata da un ammiratore pazzo di lei, che le manda foto del suo corpo e cerca di assomigliare al ragazzo di lei per diventare il suo tipo. Il pazzo riesce a rapire la donna, ma non le fa del male. Alla fine viene catturato e lei torna dal compagno. JJ scopre di essere incinta e lo comunica al suo compagno.

Un uomo di nome Brian Latloff, sospettato di essere "Lo Strangolatore di Blue Ridge", si risveglia da un coma durato ben quattro anni. La squadra decide di riaprire il suo caso nella speranza che la malattia non abbia completamente cancellato i ricordi dalla mente dell'uomo. Latloff sembra aver perso la memoria, ma gli agenti federali sospettano che potrebbe trattarsi di una simulazione, sebbene l'uomo abbia superato brillantemente un test di sollecitazione della memoria visiva. Gli agenti provano a cercare nuove prove in grado di dimostrare la colpevolezza del sospetto e scoprono che negli anni del coma una donna gli ha fatto visita in ospedale con regolarità. Si tratta della madre biologica alla quale Latloff ha spedito alcuni oggetti sottratti alle sue vittime.

La squadra BAU si reca a New York per risolvere il caso di una serie di sparatorie casuali nelle quali hanno perso la vita degli ignari civili. All'inizio, i federali sono convinti che gli omicidi siano stati provocati dallo stesso killer, ma ben presto diviene evidente che si tratta dell'azione di un gruppo di criminali, con tutta probabilità dei terroristi, che stanno mettendo alla prova i tempi di reazione delle forze dell'ordine in vista di un probabile attacco su larga scala. Will raggiunge JJ a New York per prendere alcune decisioni in merito al bambino in arrivo. I componenti della squadra di Hotchner salgono sui loro veicoli quando uno di questi viene fatto saltare in aria.