Scappata da una base militare segreta nel 2009 assieme ad altri 11 bambini transgenici, progettati in laboratorio combinando dna umano e dna animale con l'intento di creare dei supersoldati, Max Guevara dieci anni dopo vive a Seattle, lavorando come pony express di giorno e ladra di notte e preoccupandosi di non attirare l'attenzione dei militari, guidati dal colonnello Donald Lydecker, che non hanno rinunciato alla sua cattura. La sua professione notturna finanzia le indagini di un detective privato, Dan Vogelsang, ingaggiato per rintracciare i suoi compagni di fuga. Nel tentativo di svaligiarne l'appartamento, Max incontra Logan Cale, hacker e giornalista che con l'identità di "Solo Occhi" si è accollato il compito di essere "l'unica voce libera rimasta in città", come afferma l'introduzione dei suoi bollettini video clandestini. Dopo la spettacolare fuga di Max dal suo appartamento, Cale capisce che l'affascinante ladra è uno dei bambini transgenici fuggiti dal Progetto Manticore, di cui un informatore di "Solo Occhi" gli aveva a suo tempo parlato. Logan cerca di convincere Max ad aiutarlo a proteggere Lauren Braganza, testimone chiave contro Edgar Sonrisa, un uomo d'affari senza scrupoli che non esita a far sostituire un indispensabile medicinale con dei placebo, per vendere le compresse autentiche al mercato nero. Max rifiuta, ma quando Logan è gravemente ferito dagli scagnozzi di Sonrisa, e la figlia di Lauren rapita, decide di intervenire per liberare la bambina. Si intrufola quindi nella casa di Sonrisa e, fingendo di volergli consegnare Lauren, scopre il luogo dove è tenuta prigioniera la piccola Sophie e la libera, sfuggendo a sua volta alla cattura da parte dei militari. Tre mesi dopo, Logan - costretto ora su una sedia a rotelle - le offre un accordo: lei lo affiancherà nella missione di "Solo Occhi" e lui l'aiuterà a mettere insieme il suo passato.

Max è in calore. Tre volte l'anno la componente felina del suo dna prende il sopravvento, e Max deve fare i conti con un irresistibile desiderio di accoppiarsi. Eric, il ragazzo che "recluta" per questo compito, è però tanto ubriaco da addormentarsi prima che accada qualcosa, anche se il mattino dopo è convinto di aver trascorso una notte straordinaria. Nel frattempo Logan ha rintracciato Hannah Sukova, dietista alla base militare del Progetto Manticore quando aiutò la bambina Max a fuggire. All'insaputa di Max, Lydecker ha già raggiunto Hannah, minacciandola di morte se non lo avvertirà dell'arrivo della ragazza. Quando Max si reca a trovare Hannah capisce però tutto e questa volta è lei ad aiutare la donna a fuggire, salvandole la vita.

A causa di una produzione insufficiente di serotonina nel suo cervello, Max soffre periodicamente di convulsioni, che, se non controllate, potrebbero portarla al coma e poi alla morte. L'unico rimedio è assumere triptofano, che Max è costretta a procurarsi sul mercato nero. Quando il bisogno la costringe ad utilizzare i soldi raccolti da Kendra per pagare il poliziotto Walter affinchè non le denunci per occupazione abusiva, Kendra ed Original Cindy fraintendono la situazione ed eliminano tutto il triptofano di Max pensando si tratti di droga. Max è costretta allora a rapinare la dispensa dei medicinali al Metro Medical Hospital, ma nel suo stato indebolito è arrestata e condotta alla prigione di Langford. Fallito il primo tentativo di fuga, viene trasferita nell'abitazione del direttore del carcere, che ha già sotto il suo tetto Maria, una bambina della quale da tempo abusa e che ora vuole 'sostituire' con Max. Nel frattempo Logan si è messo in moto: con l'aiuto del detective Matt Sung, un informatore di "Solo Occhi", Cindy si fa arrestare per portare a Max il triptofano di cui ha bisogno. Appena in tempo, perchè Lydecker, avvertito da Vogelsang, è già sulle sue tracce, e mette a soqquadro la prigione per trovarla. Max, riprese le forze grazie al triptofano, scappa assieme ad O.C. e Maria, mentre Logan hackera il computer di Langford cancellando ogni traccia della loro presenza.

Alina, la figlia di Nathan Herrero, un giornalista militante assassinato per la sua attività di denuncia, contatta Solo Occhi, chiedendogli di indagare per scoprire chi ha ucciso suo padre. Logan, che di Herrero era stato il discepolo, si serve di Max per le indagini, e i due hanno presto una sorpresa: Herrero ha inscenato la sua morte per sfuggire ai tanti che lo minacciavano. Anche Alina ha un segreto: non ha mai avuto intenzione di riunirsi al padre, ma solo intascare la ricca taglia sulla sua testa. Herrero salta in aria nel suo appartamento, non prima però di aver inviato a Logan le prove per dimostrare la colpevolezza dell'influente politico Alan Lans nell'omicidio del procuratore capo di Seattle. Nel frattempo Max è stata impegnata a salvare Sketchy da un gruppo di gangster russi che gestiscono un casinò clandestino. Sketchy, lavorando per loro come fattorino, perde 15000 dollari di incasso. Con Original Cindy al fianco, Max si procura prima alla roulette e poi al tavolo da poker i soldi per permettere a Sketchy di ripagare il suo debito.

Vogelsang contatta Max attraverso un annuncio sul giornale per venderle le informazioni che ha raccolto sugli altri X5, ed in particolare su X5-599, Zack, del quale ha trovato tracce proprio a Seattle. Il detective privato le dà 48 ore per racimolare 15000 dollari, poi, soldi o meno, lascerà la città. Normal intanto ha licenziato Herbal per assumere Sam e l'ex moglie di Logan, Valerie, si rifà viva, annunciando di aver risolto la sua dipendenza dall'alcool. Procuratasi il denaro svaligiando la cassaforte del deposito di automezzi sequestrati dalla polizia ("liberando" dalla cattività anche la sua adorata Ninja), Max si appresta ad incontrare Vogelsang ma quando arriva sul luogo dell'appuntamento, trova la polizia: il detective è stato ucciso. Convinta sia stato Lydecker, Max, con le poche informazioni precedentemente avute da Vogelsang, riesce a rintracciare Zack per avvertirlo del pericolo, ma ha una doppia sorpresa: Zack altri non è che Sam, ed è stato lui a far fuori Vogelsang, per proteggere Max e gli altri X5. Dopo essere sfuggiti per il rotto della cuffia agli uomini di Lydecker, Zack insiste sulla necessità che Max lasci Seattle: la città non è più sicura per lei, ma la ragazza rifiuta, suscitando il risentimento del "fratello maggiore", convinto che gli X5 fuggitivi non possano permettersi una vita normale e debbano continuare a pensare "da soldati". Partito Zack/Sam, Herbal riottiene il suo lavoro, mentre per Logan c'è una sorpresa amara: pedinando Valerie, Max ha scoperto che la donna ha ripreso i contatti con Logan soltanto per ottenere del denaro, istigata dal suo nuovo compagno. Insieme, Logan e Max riflettono sulle rispettive delusioni, trovando un punto d'incontro.

Mentre partecipano a una conferenza di genetica tenuta dal luminare giapponese Tanaka, Max e Kendra sono prese in ostaggio dal gruppo terrorista 22 Maggio, intenzionato a "liberare" il piccolo Jude, che la tecnica di manipolazione genetica di Tanaka ha trasformato in un genio, ma a loro giudizio anche in una cavia di laboratorio. Tra gli ostaggi c'è anche Lydecker, interessato al lavoro di Tanaka per correggere i "difetti di progettazione" della serie X. Il medico giapponese è la prima vittima dei terroristi, che minacciano di uccidere un ostaggio ogni ora se non verranno concessi loro un mezzo e una via di fuga. Logan riesce a convincere il leader Jon Darius a liberare le donne, offrendosi a sua volta come ostaggio, ma naturalmente Max decide comunque di rimanere. Quando i militari approfittano della liberazione degli ostaggi per eliminare due membri di 22 Maggio, Darius ordina l'uccisione di Logan: con uno spettacolare salto nel vuoto Max lo salva, quindi procede nel mettere fuori combattimento l'intero gruppo terrorista, impedendo, seppur con riluttanza, anche l'assassinio di Lydecker. Infine porta in salvo anche Jude, al quale Logan troverà una nuova famiglia in cui vivere.

Brin, una dei dodici X5 fuggiti nel 2009, è catturata da forze militari sotto lo sguardo impotente di Zack. Ferito, Zack si reca da Max che decide di fare tutto il possibile per liberare Brin. Insieme i due si mettono sulle tracce di Lydecker, convinti che Brin sia nelle sue mani. Agendo d'impulso, Max lo rapisce ma nell'interrogatorio successivo questi convince i "suoi ragazzi" della propria estraneità al rapimento di Brin, indicando come gli X5 siano "merce" in grado di far gola a tanti. Mettendo a frutto la rete di informatori di Solo Occhi, Logan scopre che il rapitore di Brin è il maggiore Jake Sanders, che ha fatto della base militare di Fort Xavier il proprio personale comando ed intende vendere l'X5 catturata al miglior offerente. Lydecker si offre di aiutare Max e Zack a penetrare nella base di Sanders, ma una volta dentro Fort Xavier li consegna al suo ex commilitone. La vera sorpresa per Max e Zack non è il tradimento di Lydecker, ma le condizioni di Brin, sofferente di una malattia genetica che ne causa il rapido invecchiamento: Brin è la quarta X5 a esserne affetta. Max e Zack non perdono tempo a fuggire, portando con se Brin, mentre Lydecker uccide Sanders e ordina un blitz delle sue forze speciali. I 3 X5 riescono a scappare ma le condizioni di Brin sono disperate: solo i dottori della Manticore possono salvarla. Quando Brin implora di non lasciarla morire, per Max e Zack si impone la scelta più dolorosa: riconsegnare la sorella a Lydecker. Mentre si svolge il dramma degli X5, Original Cindy, Sketchy ed Herbal dissuadono un imprenditore indiano dall'acquisto del Jam Pony, inscenando una comica contaminazione batteriologica.

Con una taglia di 50000 dollari sulla testa per l'omicidio di Dan Vogelsang (ucciso in realtà da Zack nell'episodio L'Atteso Incontro) promessi a chiunque fornirà informazioni per la sua cattura, Max si ritrova intrappolata nel mercato di South Market Street, mentre gli uomini di Lydecker e le forze di polizia perlustrano la zona palmo a palmo. Zack contatta Logan e insieme i due aiutano Max a sfuggire alla stretta dei militari, ma ora per lei è arrivato davvero il momento di lasciare Seattle: Logan accompagna i due X5 nella baita di famiglia, dove passeranno la notte prima di dirigersi verso il Canada. L'addio tra Logan e Max è intenso, ma Logan non potrebbe mai seguirla, come lei, pur impacciatamente, gli chiede: un frammento di proiettile rimasto nella sua spina dorsale ha iniziato a migrare e deve essere rimosso in una pericolosa operazione prevista per il mattino seguente, senza la quale Logan rischia di morire dissanguato o diventare tetraplegico. Le condizioni di Logan peggiorano durante la notte: l'emorragia interna è già cominciata e, anche se l'operazione va a buon fine, ha perso troppo sangue per poter sopravvivere senza una trasfusione. Le riserve di plasma sono però azzerate. Max, che ha carpito a un riluttante Bling la situazione, decide di tornare a Seattle, nonostante la ferma opposizione di Zack, che la implora di non gettare al vento la propria libertà. L'arrivo di Max in ospedale è più che propizio: come donatore universale, può dare a Logan il sangue di cui ha bisogno. Durante la trasfusione, i due sembrano condividere lo stesso sogno di ballare insieme, bruscamente interrotto dall'arrivo della polizia, che arresta Max. Ma Zack, nonostante le sue prediche sui pericoli del sentimentalismo, è tornato anche lui a Seattle, e si è consegnato alle forze dell'ordine, fornendo particolari incontrovertibili della sua colpevolezza per l'omicidio di Vogelsang. Lydecker si accontenta della sua cattura, convinto che Max sia ormai lontana, e Zack viene caricato su un elicottero con destinazione Manticore. L'elicottero però precipita in volo, uccidendo apparentemente tutti coloro che erano a bordo, anche se Max mantiene la speranza che Zack sia riuscito a salvarsi.

Logan è sulle tracce del gangster Gerhardt Bronck, le cui operazioni illegali intende denunciare attraverso Solo Occhi. Tuttavia non sa che Bronck ha intenzione di smascherare Solo Occhi e a questo scopo ha fornito alcune informazioni compromettenti a potenziali fonti di Solo Occhi nella polizia. Quando Bronck individua in Matt Sung l'informatore di Solo Occhi, lo fa pedinare fino al luogo dell'appuntamento con Logan, catturando entrambi. Bronck tortura Sung per estorcere a Logan l'identità di Solo Occhi, ma quando questi cede e confessa di essere proprio lui l'hacker della tv via cavo, l'immagine di Solo Occhi appare sul televisore di Bronck, chiedendo l'immediato rilascio di Sung e Logan. Si tratta in realtà di Max, che ha programmato il computer di Logan per modificare la propria voce in quella di Solo Occhi. Max finge di voler raggiungere un compromesso con Bronck, poi analizzando la registrazione della conversazione telefonica con il gangster individua il luogo dove Bronck tiene prigionieri Logan e Sung, e corre in loro soccorso, impedendo il decollo al trasporto aereo carico di adolescenti per il mercato internazionale della prostituzione.

Logan "ingaggia" i talenti di Max per proteggere il testimone chiave nel processo contro il sindaco Leopold Steckler, responsabile assieme a Edgar Sonrisa della morte di centinaia di veterani di guerra, privati dell'unico medicinale in grado di aiutarli, rivenduto invece al mercato nero (vedi l'episodio "Soldati Perfetti"). Il testimone si rivela non altri che Bruno Anselmo, l'ex guardia del corpo di Sonrisa, che ha tentato di uccidere Logan e la stessa Max, da lei imbrogliato fino a spingerlo a far fuori il suo datore di lavoro. Max è disgustata dall'idea di proteggere Anselmo, anche perché Bruno fa di tutto per renderle la vita difficile, invitando spogliarelliste nel loro nascondiglio e uscendo a sua insaputa per recarsi in un locale notturno. Sulle tracce di Bruno sembrano esserci almeno due gruppi di sicari, un killer solitario e un trio di energumeni dotati di forza sovrumana. Logan porta il nastro registrato dalle telecamere di sicurezza dell'ultimo albergo dove Max aveva nascosto Bruno all'amico Sebastian, che individua subito l'identità dei tre energumeni: sono soldati sudafricani della serie Rossa, dalle capacità fisiche potenziate grazie ad un innesto cibernetico, che annulla anche i ricettori del dolore. I rossi si "bruciano" presto però, dodici mesi al massimo, e Logan si rende conto che il loro obiettivo è Max ed il suo patrimonio genetico. Bruno intanto ha reso la sua testimonianza, ma l'udienza è interrotta per la minaccia di una bomba. Scortando Bruno fuori dal tribunale, Max si trova faccia a faccia con la serie Rossa e Bruno le confessa allegramente di essere lui il responsabile: avendo saputo che i sudafricani cercavano un "prototipo Manticore" e ricordando gli exploit di Max dal loro primo incontro, Bruno ha intuito la vera natura di Max, e si è messo d'accordo per venderla ai sudafricani. Il successo di Bruno non dura: fuori dal tribunale il killer ingaggiato da Steckler lo fa fuori, ma intanto Max deve vedersela con i rossi: l'X5 è più agile e veloce ma i sudafricani sono almeno altrettanto forti e in grado di sopportare senza batter ciglio anche i colpi più potenti di Max, le cui chance in un combattimento prolungato sono ridotte. Ad aiutarla giunge provvidenziale Logan, che irrompe con l'auto nel parcheggio sotterraneo dove i rossi hanno teso l'imboscata a Max, portandola in salvo. Il confronto però è solo rimandato: i sudafricani non rinunceranno facilmente a Max, che in un raro momento di vulnerabilità confessa a Logan, per la prima volta, di avere paura.

Uno scambio di pacchi - uno contenente piani edilizi, l'altro un dipinto di Norman Rockwell rubato - mette nei guai Normal: preso in ostaggio dal gangster Duvalier, deve ricorrere all'aiuto dei suoi vituperati dipendenti per evitare di finire defenestrato. Max, che ha accompagnato Logan al matrimonio del cugino Bennett, deve abbandonare più volte la serata: il primo dipinto recuperato è infatti una copia, mentre l'originale è stato venduto a un ufficiale della marina coreana. Come se il compito di salvare Normal non fosse sufficiente, Max deve anche evitare di rovinare il magnifico vestito da sera rosso "preso in prestito" da una boutique di alta moda. A complicarle ulteriormente la vita ci si mette anche Logan, che non può sopportare l'idea di un altro pezzo di cultura americana venduto all'estero. Con la complicità di un medico legale fedele a Solo Occhi, Logan fa in modo che Duvalier venga arrestato per omicidio (dal gangster effettivamente ordinato), mentre Max sottrae per l'ultima volta il prezioso dipinto, alla dogana.

I Rossi son tornati e sono più determinati che mai a catturare Max. Gli innesti cibernetici che li rendono forti e insensibili al dolore ne causano la morte in pochi mesi e il patrimonio genetico di Max rappresenta per loro, almeno così gli fa credere il loro capo Johannessen, l'unica salvezza. Attraverso il pager perso da Max mentre proteggeva Bruno Anselmo, i sudafricani rintracciano Original Cindy, e la pedinano per arrivare a Max. Dopo uno scontro fuori dal Crash che si risolve con la fuga di Max e la morte di uno dei Rossi, i sudafricani prendono in ostaggio Cindy nella sede del suo nuovo lavoro come venditrice di assicurazioni, costringendola ad attirare Max in una trappola. Original Cindy riesce però ad avvertire l'amica del pericolo, e Max, che da sola non può competere contro i sudafricani potenziati, decide di impiantarsi l'innesto estratto dal rosso precedentemente ucciso. La decisione è disperata, perché con la sua particolare fisiologia, Max rischia di "bruciarsi" in poche ore. La battaglia con i due rossi superstiti è particolarmente cruenta: Max ha la meglio, ma lo sforzo e l'innesto la portano vicino al collasso. Seguendo le istruzioni telefoniche dell'esperto Sebastian, Logan e Cindy riescono a cortocircuitare l'innesto cibernetico, salvandole la vita. Quando si risveglia nell'appartamento di Logan, Max decide che è arrivato il momento di raccontare tutta la verità a Cindy. La sorpresa per Original Cindy è grande, ma l'amicizia tra le due giovani donne ne esce rafforzata. Logan, intanto, riassapora la gioia di stare in piedi sulle proprie gambe: il sangue transgenico di Max, ricco di cellule staminali, sta riparando la lesione alla spina dorsale. Per festeggiare, Max permette a Logan di guidare la sua adorata Ninja, ed i due corrono insieme nella notte, riflettendo su un domani colmo di possibilità.

Il primo "quasi-appuntamento" tra Logan, ormai in grado di camminare senza problemi, e Max è bruscamente interrotto dalla telefonata di Zack: l'X5, sfuggito grazie all'aiuto di un medico, è nascosto nei boschi attorno alla Manticore. Max, nonostante le proteste di Logan, corre in soccorso del fratello, ma scopre che Lydecker ha preparato una elaborata trappola: ha organizzato la fuga di Zack, al quale ha fatto impiantare una microspia nell'orecchio, per fare in modo che questi riveli dove si trovano gli altri X5. Max e Zack riescono a fuggire, ma ora devono trovare il modo di avvertire Jondy, Tinga e Zane che la loro posizione è nota alla Manticore. Zack, che si è imposto di dimenticare ogni informazione sugli X5 durante la prigionia, ora non riesce a ricordare i numeri per contattarli. Tocca dunque a Logan che con i mezzi di Solo Occhi trasmettere via satellite l'avvertimento per gli X5 compromessi. Zane è il primo a comunicare la propria messa in salvo, ma Tinga è in pericolo, le unità speciali della Manticore l'hanno intrappolata in una rimessa di vecchi autobus utilizzati come abitazioni dai senzatetto. Max e Zack arrivano però in tempo, e i tre X5 non hanno difficoltà a liberarsi dei soldati "normali" di Lydecker. Zack e Tinga partono per il Canada, Max ritorna a Seattle con Logan, decisione accolta con l'abituale disapprovazione da Zack e con sorpresa da parte di Tinga. Ora che la crisi è passata, Max e Logan potrebbero riprendere la serata interrotta dalla chiamata di Zack, ma Logan finisce praticamente per cacciare di casa la ragazza, quando si rende conto di non riuscire più a stare in piedi.

Il corpo di Logan sta rigettando il sangue di Max e la sua spina dorsale sta inesorabilmente regredendo allo stato precedente la trasfusione. Di fronte alla prospettiva di tornare sulla sedia a rotelle Logan entra in contatto, all'insaputa di Max, con la dottoressa Adriana Vertes. Vertes è l'unica che può aiutare Logan, ma le sue conoscenze mediche si sono affinate alla Manticore, dove ha condotto numerosi crudeli esperimenti. Preoccupata dal comportamento distante di Logan, Max lo segue dalla dottoressa Vertes, appena in tempo per salvarla dal tentativo di assassinio di Jace, una degli X5 che non partecipò alla fuga del 2009. Max riconosce in Vertes uno dei medici che la torturavano da bambina e chiede rabbiosamente spiegazioni a Logan, che le confida la sua determinazione nel voler continuare a camminare. Max si offre di proteggere Vertes, se questa rimarrà a Seattle e porterà a termine la cura di Logan. Il secondo confronto con Jace porta alla cattura dell'X5 e a una grossa sorpresa: Jace è incinta. Dopo l'iniziale resistenza, Jace decide di abbandonare la missione e la Manticore, ma la dottoressa Vertes contatta Lydecker, offrendo Jace e Max se l'ordine di ucciderla verrà rescisso. Lydecker finge di accettare, si fa portare nel rifugio dove è nascosta Jace, e quindi uccide Adriana Vertes. Ora l'obiettivo di Lydecker è la cattura di Max: Jace, che lo ha assicurato della sua fedeltà, le telefona attirandola con una scusa, ma poi l'avverte del pericolo e le due X5 fuggono insieme, lasciandosi dietro un Lydecker molto arrabbiato e preoccupato: la nuova direttrice della Manticore non sarà contenta di questo ennesimo fallimento. Logan intanto è distrutto dalla notizia della morte di Adriana: la cura non era terminata, ora la sedia a rotelle torna a essere una triste realtà. Logan contempla il suicidio, ma un provvidenziale incidente occorso ad una vicina di casa gli fa capire di avere ancora molti motivi per vivere. Per Jace c'è una nuova identità, la partenza per il Messico ed una decisione: suo figlio si chiamerà Max.

Logan è determinato ad assicurare alla giustizia i poliziotti che durante i disordini seguiti all'EMP uccisero un gruppo di dimostranti disarmati. Per farlo imbroglia Max, alla quale aveva promesso un weekend nella baita della famiglia Cale, e dirotta la gita a Cape Haven, una cittadina sulla costa, un tempo rinomata località turistica. Qui entra in contatto con uno dei poliziotti coinvolti nel massacro, ma l'uomo, che ha cambiato identità e si è costruito una nuova vita a Cape Haven, non ha intenzione di aiutarlo. Intanto Max fa amicizia con Sage, il nipote della dottoressa Summers, la donna che ha affittato a Max e Logan la casa per il fine settimana: Sage le confida di avere incubi notturni e di "vedere" un bambino morto assieme ai genitori in un incendio nei giorni seguenti l'EMP. Max scopre però che è proprio Sage quel bambino: la dottoressa Summers lo ha fatto passare come suo nipote per proteggerlo dagli assassini dei suoi genitori, vittime innocenti della rabbia cieca seguita all'EMP. Quando gli assassini minacciano anche Max e Logan, quest'ultimo deve fare affidamento su tutta la sua ingegnosità e il suo coraggio per salvare se stesso, Max e Sage, mentre Max è impossibilitata all'azione da una grave crisi di convulsioni.

L'ex fiamma di Original Cindy è tornata in città, con al seguito un bel mucchio di guai. Diamond è infatti fuggita di prigione, convinta di essere malata di cancro e determinata a riprendere il rapporto con Cindy per trascorrere con lei il tempo che le resta. In realtà i medici del penitenziario privato nel quale era rinchiusa, gestito dalla potente compagnia farmaceutica Synthedyne, le hanno mentito, per poterla usare come cavia umana, infettandola con un virus letale. Max scopre tutto quando, per colpa di Diamond, viene colta sul fatto mentre sta ripulendo la cassaforte di Pierpont Lemkin, l'ultimo obiettivo della crociata di Solo Occhi. Senza le medicine che tenevano sotto controllo l'infezione, Diamond sarà presto estremamente contagiosa, e Max deve correre contro il tempo per salvare Cindy, partita per il Messico con Diamond, dopo che l'amante le ha confidato di avere ormai poco tempo da vivere. Le due donne vengono intercettate dagli uomini della Synthedyne e portate alla sede della compagnia. L'infezione di Diamond è ormai conclamata, e quando Max arriva per liberarle, Original Cindy può solo dire addio attraverso il vetro d'isolamento. Diamond ha però ancora qualcosa da compiere: restituire il "favore" all'uomo responsabile della sua fine imminente, l'amministratore della Synthedyne Sidney Croal, che infetta dichiarando freddamente di aver trovato, infine, un uomo degno del suo bacio.

Il cadavere di un giovane con un codice a barre sul retro del collo viene ritrovato nei boschi attorno a Seattle. Il medico legale Beverly Shankar, fedele a Solo Occhi, avverte Logan che a sua volta informa Max: l'X5 riconosce subito il codice a barre, è quello di Ben, X5-493, uno dei 12 fuggitivi del 2009. Ma quando si reca all'obitorio le risulta chiaro che il cadavere non appartiene a Ben: il codice a barre è stato tatuato da poco, e, quel che è peggio, i particolari del delitto le appaiono drammaticamente familiari. Quando viene ritrovato un secondo cadavere, Max non può più nascondere a Logan la verità: Ben è l'assassino e i delitti compiuti a Seattle sono solo gli ultimi di una lunga serie. In tutti i casi, Lydecker è riuscito a bloccare le indagini, requisendo i corpi delle vittime. Max implora Logan di rimanere fuori dalla vicenda, ma il giornalista è preoccupato e insospettito dal comportamento di Max e organizza un meeting con Lydecker dietro la maschera di Solo Occhi. Imperturbabile, Lydecker intuisce il legame tra Solo Occhi e Max e riesce a instillare più di un dubbio nella testa di Logan. Ben, intanto, ha rapito Padre Destry, e la motivazione dei suoi delitti è diventata chiara: l'X5 ricrea ogni volta un "esercizio" svolto alla Manticore, caccia e cattura di un prigioniero, che si era risolta in un raccapricciante linciaggio a opera di tutti i bambini. Un evento che Max ha tentato disperatamente di dimenticare e che l'incontro con Ben ha invece riportato dolorosamente alla memoria. Nella sua mente malata, Ben tenta di compiacere la "signora azzurra", una immagine della Madonna cattolica che gli X5 avevano adottato come loro protettrice. Max cattura Ben sulla Space Needle e lo convince a portarla dove ha imprigionato Padre Destry, ma Ben riesce a sorprenderla e dà il via alla caccia nei boschi. Max lo raggiunge e ingaggia Ben in una lotta senza esclusione di colpi, mentre le unità speciali di Lydecker, che ha individuato il capannone dove Ben teneva le sue vittime da alcune sostanze rinvenute sui cadaveri dal medico legale, si fanno sempre più vicine. Ben, sconfitto e con una gamba rotta, non può fuggire e implora Max di ucciderlo per non cadere nelle mani di Lydecker. Recitando assieme la descrizione del "paradiso" che Ben aveva inventato da bambino nella loro religione autodidatta, Max esegue. Nell'epilogo, Logan riceve da Lydecker le fotografie del brutale assassinio compiuto dagli X5 alla Manticore: tra esse anche un primo piano di Max, con il volto coperto di sangue del prigioniero ucciso. Le parole di Lydecker, "non hai idea di quello di cui è capace", risuonano minacciose nei suoi pensieri.

Una serie di misteriosi omicidi di ex detenuti in libertà vigilata, l'ultimo Snuffy, un amico di Herbal, mette Max sulle tracce di uno strano vigilante, che utilizza un esoscheletro, un prototipo militare, per compiere gesti sovraumani. Risulta presto evidente che Phil, un lunatico colpito dalla perdita della sorellina quando aveva 13 anni, è bene intenzionato e innocuo. Gli omicidi sono materialmente compiuti da hoverdrone modificati, per testarne le capacità in vista dell'immissione sul mercato degli armamenti. Nella vicenda è seriamente coinvolto anche lo zio di Logan, Jonas Cale, la cui compagnia fabbrica il chip essenziale per la costruzione degli hoverdrone. L'uomo è però ucciso dal suo partner d'affari quando Logan inizia ad avvicinarsi troppo alla verità. Proprio Logan è il prossimo bersaglio, ma l'intervento di Max e Phil è tempestivo. Ora Logan ha di fronte un dilemma: se denuncia tutto attraverso Solo Occhi, le industrie Cale saranno confiscate e la sua fortuna personale con esse. Max lo invita a soprassedere, ricordandogli come quei soldi finanzino l'attività di Solo Occhi, ma Logan non ha intenzione di compromettere i propri principi. In fuga dall'indagine federale scattata in seguito al bollettino di Solo Occhi, il partner di Jonas vende la tecnologia degli hoverdrone assassini a Madame X, firmando contemporaneamente la propria condanna a morte.

Quando è fuggita in Canada (vedi l'episodio "Distruggete gli X5") Tinga ha lasciato dietro di sé qualcosa di più che un semplice impiego in una panetteria: un marito e un figlio. Ora Charlie Smith, che non sa nulla del passato di sua moglie, ha fatto stampare sui cartoni del latte una richiesta d'aiuto per rintracciarla, attirando immediatamente l'attenzione di Lydecker e della Manticore. Max prova ad avvertirlo per telefono del pericolo che corre, ma Charlie non le crede, e quindi Max si reca a Portland, intenzionata a proteggere il "cognato" e il "nipote". Qui incontra Tinga e insieme le due pianificano l'estrazione di Charlie e Case, già sotto controllo da parte delle forze speciali della Manticore. Proprio la notte scelta da Tinga e Max per agire anche la Manticore fa la sua mossa e le due X5 si trovano in considerevole inferiorità numerica di fronte alle forze speciali comandate da Brin, ora nuovamente asservita alla causa della Manticore. L'arrivo di Zack, che ha seguito Tinga dal Canada nonostante la sua contrarietà per la decisione della sorella, è provvidenziale, e i tre X5 e la famiglia di Tinga riescono a fuggire. Durante la fuga Max è intercettata da Brin, che la sconfigge senza troppe difficoltà ("mi hanno migliorato" spiega alla sorella minore) ma la lascia comunque andare, promettendole però che al prossimo incontro "la riporterà a casa". Tornati nell'appartamento di Logan a Seattle, Charlie ha difficoltà nell'accettare la verità su Tinga, ma i problemi della giovane coppia sono dimenticati quando il piccolo Case è colpito da una febbre violenta e un codice a barre appare sul retro del suo collo. È l'opera di nanobot impiantati da Lydecker, che facendosi passare per maestro ha avuto la possibilità di studiare Case: il bambino è il primo frutto dell'unione tra un X5 e un comune essere umano ad aver ereditato doti superiori e come tale è di grande interesse per la Manticore. Max contatta Lydecker (il codice a barre di Case è il suo numero di telefono) e questi le espone i termini del ricatto: se Tinga vuole salvare suo figlio, che ha ormai solo poche ore di vita, deve consegnarsi alla Manticore. Tinga non ha scelta e accetta lo scambio, nonostante l'ira di Zack che abbandona furente l'appartamento, avvisando Max di non rendersi vulnerabile come ha fatto Tinga costruendosi una famiglia. Lo scambio avviene a South Market Street e sembra andare tutto come è stato stabilito, fino a quando Brin, all'insaputa di Lydecker, ordina alle forze speciali di intervenire per catturare anche Case e Max. Ancora una volta Zack arriva a dare manforte e insieme i due X5 sventano il tentativo di rapimento, recuperando Case. Lydecker e i suoi uomini, intanto, trovano il veicolo che trasportava Tinga alla Manticore con i due soldati morti e Brin svenuta: apparentemente Tinga è riuscita a scappare, questo almeno è quanto deve credere Lydecker. In realtà, la messa in scena è stata orchestrata da Brin, su ordine di Madame X. Tinga viene tenuta prigioniera in una installazione di Seattle, sottoposta a un misterioso esperimento il cui obiettivo sembra essere conosciuto solo dalla nefasta Madame X.

È "quel" periodo dell'anno e Max è di nuovo in calore e la cosa non le fa affatto piacere. Nonostante il consiglio di Original Cindy di "grattarsi il prurito", Max è determinata a ignorare gli effetti collaterali del suo dna felino, soprattutto con Logan, ma l'impresa si presenta complicata. Logan, raccontandole una storia balzana, ottiene l'aiuto di Max per rubare da una centrale nucleare il chip di cui ha bisogno per riparare l'esoscheletro donatogli da Phil ("Il Giustiziere"). Logan vuole sorprendere Max, camminando per la prima volta con l'esoscheletro la sera in cui festeggeranno l'anniversario del loro primo incontro. Il furto riesce e Max riesce per un po' a tenere a bada i suoi istinti, ma la cosa si fa per lei sempre più difficile, tanto che la sera dell'anniversario chiama Logan e annulla l'appuntamento. Per schiarirsi le idee quella sera stessa Max decide di fare un giro in moto e incontra Rafer, il fattorino della pizza a domicilio che aveva già brevemente conosciuto alla Jam Pony. L'incontro è quello che si dice fatale ed il lato felino di Max prende infine il sopravvento. Nel frattempo i giochi di potere alla Manticore si fanno pericolosi per Lydecker. Il colonnello ha stretto un accordo con i sudafricani, che si sono offerti di rintracciare Max, attraverso l'innesto cibernetico inattivo ma ancora impiantato nel suo collo (vedi l'episodio "L'innesto"), in cambio di dati e materiale genetico del Progetto Manticore. Anche grazie a questo, Madame X convince l'agente Sandoval che Lydecker è un pericolo per la sicurezza della Manticore e gli ordina di eliminarlo, utilizzando l'hoverdrone killer (epis. "Il Giustiziere"). Lydecker ha però piazzato una microspia nella penna di Sandoval ed è quindi in grado di anticipare le mosse di Madame X. Intanto Max e Logan celebrano infine il loro "anniversario", scambiandosi le rispettive "sorprese": Max spiega, imbarazzata e affranta, gli effetti collaterali del suo dna felino e confessa l'avventura con Rafer. Logan mostra la sua nuova mobilità acquisita grazie all'esoscheletro, il cui improvviso malfunzionamento permette ai due di contemplare insieme i rispettivi fallimenti e lasciarsi andare ai sentimenti fin lì negati. Il tenero momento tra i due è però interrotto dall'arrivo, quantomai (in)tempestivo, di Zack: l'X5 ha scoperto dove è tenuta prigioniera Tinga, e lui e Max partono in missione per liberarla, mentre Logan hackera un satellite spia cinese per seguirne i movimenti dall'alto. Il team dei sudafricani ha intanto rintracciato il segnale dell'innesto di Max e le forze di Lydecker, ignaro dell'esperimento in corso su Tinga per ordine di Madame X, convergono sulla sua posizione. Zack è ferito e costretto alla ritirata, mentre Max, che è riuscita a penetrare nel magazzino in cui è in atto l'esperimento su Tinga, ignora gli avvertimenti di Logan e spacca il vetro del contenitore nel quale è imprigionata la sorella, proprio mentre gli uomini di Lydecker irrompono nell'edificio. Allo sguardo per una volta orripilato del colonnello si presenta una scena terribile: Max, in lacrime, tiene stretto il corpo ormai senza vita di Tinga.

Circondata dalle forze speciali di Lydecker e affranta per la morte di Tinga, senza vita tra le sue braccia, Max è stordita dai teaser e catturata. Lydecker però non la consegna alla Manticore: Madame X ha ordinato il suo arresto e, accompagnato da due uomini fidati, Lydecker si dà alla fuga, nascondendosi con Max in un sordido motel. Vedendosi senza via di uscita, Lydecker cede all'alcool per la prima volta in oltre un ventennio e si prepara ad uccidere Max, per evitare che cada nelle mani di Madame X e poi a suicidarsi. Max si sveglia in tempo per fermarlo, e lo convince a lasciarla andare, pochi momenti prima che Brin e le forze della Manticore facciano irruzione nel motel. Intanto Zack ha chiamato a rapporto altri due X5 fuggitivi, Syl e Krit e i tre, insieme a Logan, stanno preparandosi a salvare Max, quando l'oggetto delle loro attenzioni li raggiunge, portandosi dietro un prigioniero speciale: Lydecker. Il Colonnello si offre di aiutare gli X5 a distruggere la banca del DNA della Manticore, atto che potrebbe significare la fine del progetto. Dopo qualche esitazione, soprattutto da parte di Zack, i quattro ragazzi sono concordi nel ritenerla l'unica possibilità per tutti loro di smettere di passare la vita fuggendo. Max ha una conversazione rivelatrice con Lydecker: vedendo Max vive ancora in lui il ricordo della moglie morta, da lui amatissima, tanto da far inserire nel patrimonio genetico di Max gli stessi occhi. La ragazza è meno che entusiasta di questa notizia e avverte il colonnello, minacciandolo di strangolamento, di non farsi illusioni. La preparazione dell'attacco alla Manticore è interrotta dalla comparsa di un corvo, che ricorda ai quattro X5 un incidente di addestramento, quando Syl, proprio per sparare a un corvo, uccise per errore un altro bambino. Max è particolarmente colpita da questo evento, e ne approfitta per trascinare Logan sulla Space Needle, riflettendo insieme a lui sul suo desiderio di condurre una vita normale. Poche ore più tardi, l'assalto alla Manticore in nome di Tinga ha inizio: Logan hackera la sicurezza interna, in modo da nascondere alle telecamere la presenza di Max e gli altri, mentre lui e Lydecker, nel furgone di sorveglianza sottratto ai sudafricani, possono seguire tutto quello che accade. Mentre Syl e Krit mettono fuori uso il generatore principale, Max e Zack si dirigono al laboratorio del DNA, nel quale entrano grazie allo speciale "pass" procurato da Lydecker: l'occhio precedentemente cavato all'amico e collega McGinnis. Max e Zack piazzano le cariche e si apprestano a tornare indietro, quando scatta l'allarme. Madame X ordina a Brin di disinnescare le cariche, ma Max l'intercetta, immobilizzandola. Tuttavia questo ha ritardato la fuga sua e di Zack e gli X7, versioni migliorate degli X5, sono ormai mobilitati. Nella foresta Max si trova faccia a faccia con la sua versione più giovane, che senza esitare le spara diritto in petto. Ferita a morte, Max sogna il successo della missione, le celebrazioni con gli amici al Crash e di fare l'amore con Logan per la prima volta, ma l'apparizione del corvo la riporta bruscamente alla realtà, mentre spira tra le braccia di un Logan disperato, che il colonnello Lydecker deve stordire con il calco del fucile per portare via. Intanto anche Zack è ferito e sopraffatto dagli X7. Portato nell'infermeria della Manticore, assiste all'inutile tentativo di rianimare Max. Quando Renfro ordina l'espianto degli organi, Zack si libera dalle restrizioni, uccide una guardia sottraendogli la pistola, e prende in ostaggio la direttrice Renfro, minacciando di ucciderla se i medici non faranno di tutto per salvare Max. Ma Max può salvarsi solo con un trapianto di cuore, e solo il cuore di un altro X5: chiedendo alla figura inerte di Max la promessa di continuare a combattere, Zack si punta la pistola alla tempia e spara, fornendo ai medici il cuore da trapiantare. Max si risveglia prigioniera in un letto d'ospedale, con Renfro che le dà un malefico benvenuto a casa... per lei e per il cuore di Zack che le batte in petto.