11 stagioni - 219 episodi vedi scheda serie
La seconda stagione, composta da 25 episodi di circa 45 minuti, è andata in onda negli Stati Uniti dal 16 settembre 1994 al 19 maggio 1995 su Fox. In Italia la stagione è stata trasmessa dall'8 ottobre 1995 al 5 novembre 1996 su Italia 1, ma senza rispettare l’ordine cronologico originale come nel caso della prima stagione.
Il progetto X-Files è stato ufficialmente chiuso ma Mulder e Scully continuano a lavorare per l’FBI. I casi su cui lavorano presentano comunque delle anomalie che li accostano ai casi tipici degli X-Files. Fa la sua comparsa il personaggio di Alex Krycek, anche per compensare l’assenza di Scully nel corso di alcune puntate.
