11 stagioni - 219 episodi vedi scheda serie
La terza stagione, composta da 24 episodi di circa 45 minuti, è andata in onda negli Stati Uniti dal 22 settembre 1995 al 17 maggio 1996 su Fox. In Italia la stagione è stata trasmessa tra il 22 settembre 1996 e il 3 aprile 1997 su Italia 1, ma senza rispettare del tutto l’ordine cronologico originale come nel caso della prima stagione.
Le indagini seguite da Mulder e Scully vanno sempre più a scoprire i dettagli di possibili esperimenti genetici che hanno creato ibridi umano-alieni e mutazioni responsabili di malattie. Le loro ricerche sono ostacolate dalle azioni dell’Uomo che Fuma. L’informatore di questa stagione è Mr. X (interpretato da Steven Williams).