11 stagioni - 219 episodi vedi scheda serie
La nona stagione, composta da 20 episodi di circa 45 minuti, è andata in onda negli Stati Uniti dall'11 novembre 2001 al 19 maggio 2002 su Fox. In Italia la stagione è stata trasmessa dal 24 giugno al 26 agosto 2002 su Italia 1.
Dopo gli eventi dell’ottava stagione Mulder è al di fuori dell’FBI, nascosto, mentre Scully lascia gli X-Files agli agenti Doggett e Reyes. Al di là dei casi che sono oggetto d’indagine, la stagione verte più sul destino di Mulder e Scully soprattutto per le conseguenze di ciò che hanno scoperto nel corso degli anni.