5 stagioni - 105 episodi vedi scheda serie
Attenzione: possibili spoiler.
Alla Cia viene costituito un braccio operativo segreto, analogo all’SD6 ma che affianca ufficiosamente l’Agenzia: l’Apo. Sydney e tutti gli altri colleghi entrano a farne parte, compreso il padre e Sloane, che ne viene messo a capo. Anche Nadia, la sorella Sydney, sarà reclutata avendo un passato come agente segreto. Emerge un “clone” di Sloane, interessato come lui a Rambaldi, intento a creare una sostanza volatile che annienta la volontà e crea cieca aggressività e che, per iniziativa di Elena Derevko, infetta una città russa. Sul campo, l’intera famiglia di Sydney sventa i piani degli avversari ma Nadia viene infettata. Irina fugge. Di ritorno a casa, Vaughn vorrebbe sposare Sydney ma le rivela che quello non è il suo vero nome, prima di essere travolto in un incidente stradale.