Il dottor Cox è il nuovo primario del Sacro Cuore dopo che Kelso ha deciso di andarsene in pensione, ed è ora sommerso da mille problemi, ma adora il suo nuovo titolo. La figlia di Cox, Jennifer, intanto, è costretta a un'operazione allo shunt cardiaco e quindi Perry non ha il tempo di fare altro. JD e Elliot prendono un appuntamento con un vecchio paziente di Elliot per un rimborso da parte della Plomox, nell'attesa fanno uno scherzo a un fast-food e l'impiegato viene poi rapito. Ted, grazie all'inserviente, finalmente capisce che è ora di iniziare a pensare con la propria testa. L'inserviente decide inoltre di spostare nell'ex-ufficio di Kelso la sede del suo "Club dei Cervelloni" (BrainTrust) ma il nuovo Ted comincia a dargli problemi e dopo un'insurrezione forma i "Cervelloni Bollenti" (BrainBounch) assieme al Todd e comincia una lite tra i due gruppi, JD assistendo allo scontro parla a Sammy chiedendosi cosa succederebbe se Ted e l'inserviente avessero un figlio loro e da li nasce una sit-com nella testa di JD: i "Custodi Legali" (Legal Custodian) Turk, ancora ai problemi con il fatto di avere solo un testicolo rischia di perdere anche l'altro a causa di una bottiglia di champagne, Carla, preoccupata dal fatto che Turk potesse rimanere per sempre senza testicoli, decide di avere un altro figlio, ma Turk non è dello stesso parere.
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