È un giovane bavarese, a cui Roland Emmerich ha "passato" la regia di un film che avrebbe dovuto girare lui. E che ha tratto, dal proprio coming out, una commedia per ragazzi.

Marco Kreuzpaintner nasce nel 1977 a Rosenheim, una città del sud della Germania, non distante dal confine austriaco.   Dopo aver studiato storia dell'arte a Salisburgo, impara il mestiere del cinema da autodidatta, lavorando nel settore della produzione di videoclip musicali e spot pubblicitari. Nel 1998 diventa assistente di Edgar Reitz.

Tra il 2000 ed il 2002 realizza alcuni cortometraggi in lingua tedesca che ottengono riconoscimenti a livello nazionale. Il suo primo lungometraggio è Ganz und gar (2003), la storia di un ragazzo che, dopo aver perso una gamba in un incidente, subisce una profonda e drammatica trasformazione interiore. Anche le sue successive opere saranno ispirate al mondo dell'adolescenza, prima fra tutte Sommersturm (2004), un film riferito ad un particolare momento della sua vita personale, che ritrae un giovane bavarese alle prese con le inquietudini derivanti dalla scoperta della propria omosessualità.  Con Krabat (2008) la crisi dell'individuo acerbo di fronte ad un mondo apparentemente insensibile ed ostile assume la veste di un racconto fantastico: la fonte ispiratrice è un popolare romanzo tedesco per ragazzi, a sua volta tratto dall'omonima leggenda della tradizione dei sorabi, una minoranza linguistica di etnia slava nel territorio dell'ex Repubblica Democratica di Germania. Il film raggiungerà le prime posizioni del box office tedesco.

Nel frattempo, per Kreuzpaintner è già avvenuta la consacrazione a livello internazionale: Roland Emmerich, a cui era stato proposto di dirigere Trade (2007), un film sul commercio di esseri umani tra il Messico e gli Stati Uniti, rifiuta perché già impegnato nelle riprese di 10.000 A. C. (2008). Dopo una breve ricerca, conosce Marco e decide di indicarlo come suo sostituto.

Dal 2009 Kreuzpaintner è titolare, a Berlino, di una casa di produzione cinematografica. Attualmente  è in fase di lavorazione il suo ultimo progetto: si tratta del film One-Way Ticket, la storia d'amore tra una donna londinese ed un uomo originario di Rio de Janeiro.